R语言 ShortRead包 GappedReads-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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GappedReads-class(ShortRead)
GappedReads-class()所属R语言包：ShortRead

                                        GappedReads objects
                                         GappedReads对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The GappedReads class extends the GappedAlignments class defined in the GenomicRanges package. A GappedReads object contains all the information contained in a GappedAlignments object plus the sequences of the queries. Those sequences can be accessed via the qseq accessor.
在GappedReads类扩展GappedAlignments的在GenomicRanges包中定义的类。一个GappedReads对象包含在GappedAlignments对象加查询的序列中的所有信息。这些序列可以通过qseq存取访问。


构造----------Constructor----------

readGappedReads(file, format="BAM", use.names=FALSE, ...): Read a file as a GappedReads object. Like with the readGappedAlignments constructor, by default (i.e. use.names=FALSE) the resulting object has no names. If use.names is TRUE, then the names are constructed from the query template names (QNAME field in a SAM/BAM file).
readGappedReads(file, format="BAM", use.names=FALSE, ...)：阅读作为GappedReads对象的文件。默认情况下，想用readGappedAlignments构造（即use.names=FALSE）所产生的对象没有名称。 use.names如果是TRUE，然后名构造查询模板名称（在一个SAM / BAM的文件的QName场）。

Note that this function is just a front-end that delegates to the format-specific back-end function specified via the format argument. The use.names argument and any extra argument are passed to the back-end function. Only the BAM format is supported for now. Its back-end is the readBamGappedReads function defined in the Rsamtools package. See ?readBamGappedReads for more information (you might need to install and load the Rsamtools package first).
请注意，此功能只是一个前端，以特定格式的后端功能，通过format参数指定的代表。 use.names参数和任何额外的参数传递给后端功能。现在只支持BAM格式。其后端是readBamGappedReads功能定义在Rsamtools包。看到?readBamGappedReads更多的信息（你可能需要安装和先加载Rsamtools包）。


存取----------Accessors----------

In the code snippets below, x is a GappedReads object.
在下面的代码片段，x是GappedReads对象。

qseq(x): Extracts the sequences of the queries as a DNAStringSet object.
qseq(x)：DNAStringSet对象的查询，提取序列。


作者（S）----------Author(s)----------



H. Pages and P. Aboyoun




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

GappedAlignments-class, readBamGappedReads
GappedAlignments级，readBamGappedReads


举例----------Examples----------


greads_file <- system.file("extdata", "ex1.bam", package="Rsamtools")
greads <- readGappedReads(greads_file)
greads
qseq(greads)

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