R语言 ShortRead包 dustyScore()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

dustyScore(ShortRead)
dustyScore()所属R语言包：ShortRead

                                        Summarize low-complexity sequences
                                         总结低复杂度序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

dustyScore identifies low-complexity sequences, in a manner inspired by the dust implementation in BLAST.
dustyScore标识低复杂度序列，启发dustBLAST实施的方式。


用法----------Usage----------



dustyScore(x, batchSize=NA, ...)




参数----------Arguments----------

参数：x
A DNAStringSet object, or object derived from ShortRead, containing a collection of reads to be summarized.
一个DNAStringSet对象，或ShortRead派生的对象，包含一个集合读取概括。


参数：batchSize
NA or an integer(1) vector indicating the maximum number of reads to be processed at any one time.
NA或integer(1)向量表示的最大数量的读取可以在任何一个时间处理。


参数：...
Additional arguments, not currently used.
额外的参数，而不是目前使用的。


Details

详情----------Details----------

The following methods are defined:
下列方法定义：




dustyScore signature(x = "DNAStringSet"): operating on
dustyScoresignature(x = "DNAStringSet")：操作系统




dustyScore signature(x = "ShortRead"): operating on the sread of an object derived from class
dustyScoresignature(x = "ShortRead")：sread从类派生的对象的操作系统上

The dust-like calculations used here are as implemented at https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-sig-sequencing/2009-February/000170.html. Scores range from 0 (all triplets unique) to the square of the width of the longest sequence (poly-A, -C, -G, or -T).
粉尘状，用在这里计算作为在https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-sig-sequencing/2009-February/000170.html实施的。分数范围从0（所有三胞胎独特）的宽度（聚-A-C-G-T），最长的序列广场。

The batchSize argument can be used to reduce the memory requirements of the algorithm by processing the x argument in batches of the specified size. Smaller batch sizes use less memory, but are computationally less efficient.
batchSize参数，可以使用x参数指定大小的批次处理，以减少算法对内存的要求。小批量大小使用较少的内存，但计算效率较低。


值----------Value----------

A vector of numeric scores, with length equal to the length of x.
一个数字成绩的向量，长度等于x的长度。


作者（S）----------Author(s)----------


Herve Pages (code); Martin Morgan



参考文献----------References----------

masker for sequenced genomes, Bioinformatics 22: 134-141.

参见----------See Also----------

The WindowMasker supplement defining dust ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/windowmasker/windowmasker_suppl.pdf
在WindowMasker补充，定义dustftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/windowmasker/windowmasker_suppl.pdf的


举例----------Examples----------


sp <- SolexaPath(system.file('extdata', package='ShortRead'))
rfq <- readFastq(analysisPath(sp), pattern="s_1_sequence.txt")
range(dustyScore(rfq))

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