R语言 ShortRead包 alphabetByCycle()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

alphabetByCycle(ShortRead)
alphabetByCycle()所属R语言包：ShortRead

                                        Summarize short read nucleotide or quality scores by cycle
                                         总结短周期核苷酸或质量分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

alphabetByCycle summarizes short read nucleotides or qualities by cycle, e.g., returning the number of occurrences of each nucleotide A, T, G, C across all reads from 36 cycles of a Solexa lane.
alphabetByCycle总结短读核苷酸或周期素质的，例如，返回出现的次数，每个核苷酸A, T, G, C在所有来自36个周期的公司Solexa车道读取。


用法----------Usage----------



alphabetByCycle(stringSet, alphabet, ...)




参数----------Arguments----------

参数：stringSet
A R object representing the collection of reads or quality scores to be summarized.
AR对象代表读取收集或质量分数来概括。


参数：alphabet
The alphabet (character vector of length 1 strings) from which the sequences in stringSet are composed. Methods often define an appropriate alphabet, so that the user does not have to provide one.
字母（字符向量长度为1的字符串）从该序列stringSet组成。方法往往定义一个适当的字母，使用户不必提供。


参数：...
Additional arguments, perhaps used by methods defined on this generic.
额外的参数，也许这个通用定义的方法。


Details

详情----------Details----------

The default method requires that stringSet extends the XStringSet class of Biostrings.
默认的方法要求，stringSet延伸XStringSet类Biostrings。

The following method is defined, in addition to methods described in class-specific documentation:
下面的方法定义，除了类特定的文件中所描述的方法：




alphabetByCycle signature(stringSet = "BStringSet"): this method uses an alphabet spanning all ASCII characters, codes
alphabetByCycle signature(stringSet = "BStringSet")：此方法使用一个字母，跨越所有的ASCII字符，代码


值----------Value----------

A matrix with number of rows equal to the length of alphabet and columns equal to the maximum width of reads or quality scores in the string set. Entries in the matrix are the number of times, over all reads of the set, that the corresponding letter of the alphabet (row) appeared at the specified cycle (column).
alphabet和列读取或质量分数在字符串集的最大宽度等于的长度等于行数矩阵。矩阵中的条目的次数，超过所有读取的设置，相应的拼音字母（行）在指定的周期（列）。


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Morgan



参见----------See Also----------

The IUPAC alphabet in Biostrings.
在Biostrings的IUPAC字母。

http://www.bioperl.org/wiki/FASTQ_sequence_format for the BioPerl definition of fastq.
http://www.bioperl.org/wiki/FASTQ_sequence_format为的fastq的bioperl的定义。

Solexa documentation 'Data analysis - documentation : Pipeline output and visualisation'.
公司Solexa文件的数据分析 - 文件：管道输出和可视化“。


举例----------Examples----------


showMethods("alphabetByCycle")

sp <- SolexaPath(system.file('extdata', package='ShortRead'))
rfq <- readFastq(analysisPath(sp), pattern="s_1_sequence.txt")
alphabetByCycle(sread(rfq))

abcq <- alphabetByCycle(quality(rfq))
dim(abcq)
## 'high' scores, first and last cycles[＃高的成绩，第一次和最后周期]
abcq[64:94,c(1:5, 32:36)]

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