seqLogo(seqLogo)
seqLogo()所属R语言包：seqLogo
Plot a sequence logo for a given position weight matrix
画出一个给定的位置权重矩阵的序列标志
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function takes the 4xW position weight matrix of a DNA sequence motif and plots the corresponding sequence logo.
这个函数的DNA序列的图案，并绘制相应的序列标志4xW位置权重矩阵。
用法----------Usage----------
seqLogo(pwm, ic.scale=TRUE, xaxis=TRUE, yaxis=TRUE, xfontsize=15, yfontsize=15)
参数----------Arguments----------
参数：pwm
numeric The 4xW position weight matrix.
numeric的4xW的位置重量矩阵。
参数：ic.scale
logical If TRUE, the height of each column is proportional to its information content. Otherwise, all columns have the same height.
logical如果是TRUE，每列的高度是成正比的信息内容。否则，所有列具有相同的高度。
参数：xaxis
logical If TRUE, an X-axis will be plotted.
logical如果是TRUE，X轴将被绘制。
参数：yaxis
logical If TRUE, a Y-axis will be plotted.
logical如果是TRUE，Y轴将被绘制。
参数：xfontsize
numeric Font size to be used for the X-axis.
numericX轴要使用的字体大小。
参数：yfontsize
numeric Font size to be used for the Y-axis.
numericY轴使用的字体大小。
Details
详情----------Details----------
Within each column, the height of a given letter is proportional to its frequency at that position. If ic.scale is TRUE, the height of each column in the plot indicates the information content at that position of the motif. Otherwise, the height of all columns are identical.
在每一列中，一个给定的字母的高度是其在该位置的频率成正比。如果ic.scale为TRUE，每列中的图高度表示的信息内容，图案的位置。否则，所有列的高度是相同的。
值----------Value----------
None.
没有。
作者（S）----------Author(s)----------
Oliver Bembom, <a href="mailto:bembom@berkeley.edu">bembom@berkeley.edu</a>
举例----------Examples----------
mFile <- system.file("Exfiles/pwm1", package="seqLogo")
m <- read.table(mFile)
pwm <- makePWM(m)
seqLogo(pwm)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-26 14:02:27
