R语言 ScISI包 unWantedComp()函数中文帮助文档(中英文对照)

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unWantedComp(ScISI)
unWantedComp()所属R语言包：ScISI

                                        A function to manually remove protein complexes from some in
                                         一个手动删除一些蛋白质复合体的功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes in an in silico interactome by its bipartite graph representation and a character vector of complex ID's. The function parses through the column names of the in silico interactome and removes those columns whose names are found in the character vector.
此功能需要在硅片相互作用组，它的偶图表示和复杂的ID的特征向量。通过在硅片相互作用组的列名功能解析，并删除这些列的名字被发现在字符向量。


用法----------Usage----------


unWantedComp(ISI, unwantedComplex = c("GO:0000262", "GO:0000228",
"GO:0000775", "GO:0010008", "GO:0005792", "GO:0005768", "GO:0005769",
"GO:0005770", "GO:0005777", "GO:0005844", "GO:0001400"), unwantedGenes =
c("RNA_TLC1", "SNRNA_NME1","RNA_RNASE-P"))



参数----------Arguments----------

参数：ISI
The in silico interactome as a bipartite graph
在硅片相互作用组作为一个二分图


参数：unwantedComplex
A character vector. Each entry is a protein complex id for which should be removed from the interactome.
字符向量。每个条目是一个复杂的蛋白质ID应相互作用组中删除。


参数：unwantedGenes
A character vector of gene names that will be deleted from the row indexing set of the in silico interactome.
一个基因将被删除的名字排在硅片相互作用组索引集的特征向量。


值----------Value----------

An incidence matrix. A new matrix with those columns indexed by unwantedComplex removed. It will also remove any protein which is now no longer contained in any protein complex.
关联矩阵。一个新的矩阵与删除unwantedComplex索引的列。现在不再在任何蛋白复合物中，它也将删除任何蛋白质。


注意----------Note----------

The entries of unwantedComplex must be found in the column names of ISI, otherwise, they will not be removed. This is especially important since there are many id's that index the same protein complex.
条目unwantedComplex必须在ISI的列名，否则，他们不会被删除。这一点尤其重要，因为有许多的ID是该指数相同的蛋白复合物。


作者（S）----------Author(s)----------


T. Chiang



举例----------Examples----------



#mips = getMipsInfo()[MIPS = getMipsInfo（）]
#go = getGOInfo()[去= getGOInfo（）]
#mipsM = createMipsMatrix(mips)[mipsM = createMipsMatrix（MIPS）]
#goM = createGOMatrix(go)[GOM = createGOMatrix（去）]
#mips2go = runCompareComplex(mipsM, goM, byWhich = "ROW")[mips2go = runCompareComplex（mipsM，GOM，byWhich =“列”）]
#merged = mergeBGMat(mipsM, goM, mips2go$toBeRm)[合并= mergeBGMat（mipsM，GOM，mips2go美元toBeRm）]
#ISI = unWantedComp(merged)[ISI = unWantedComp（合并）]


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