R语言 SBMLR包 summary.SBML()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

summary.SBML(SBMLR)
summary.SBML()所属R语言包：SBMLR

                                         Get summary information from an SBML model
                                         从SBML模型得到的摘要信息

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function extracts information from a model of class SBML and returns it as a list. The list includes species and reaction information tabularized as data frames.
这个功能提取从类SBML模型的信息和它作为一个列表返回。该列表包括物种和反应信息数据框tabularized。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'SBML'
summary(object,...)



参数----------Arguments----------

参数：object
A model object of class SBML from which information is to be extracted.
一类模型对象SBML是要提取的信息。


参数：...
For compatibility with summary of the base package.
summary基本包的兼容性。


Details

详情----------Details----------

no details
没有细节


值----------Value----------

A list containing the following elements
含有下列内容的列表


参数：BC
A logical vector indicating which species are not state variables,  i.e. which species are boundary conditions or auxillary variables.
一个逻辑向量，说明哪些物种是不是状态变量，即物种边界条件或辅助的变量。


参数：y0
The initial state (boundary conditions excluded!).  
初始状态（不包括边界条件）。


参数：nStates
The length of the state vector, i.e. the number of system states.
状态向量的长度，即系统状态。


参数：S0
The full set of species initial values.
全套的初始值的物种。


参数：nReactions
The number of reactions.
反应。


参数：nSpecies
The number of species, including  states, boundary conditions and possibly auxillary variables such as the total concentration of  dihydofolate reductase in the morrison.r  model.  
该物种的数量，包括状态，边界条件和可能，如总浓度的dihydofolate还原酶在morrison.r模型辅助的变量。


参数：incid
The incidence/stoichiometry matrix. This usually contains ones and minus ones corresponding to fluxes either synthesizing or degrading (respectively)  a state variable chemical species. This matrix multiplied by the flux vector on its right yields  the corresponding concentration state variable time derivatives.  
发病率/化学计量矩阵。这通常包含相应的通量合成或有辱人格（分别）状态变量的化学物质的和负的。这个矩阵乘以其右边的磁通矢量产生相应的浓度状态变量的时间导数。


参数：species
Species information (i.e. names, ICs, BCs, and compartments) as a data frame.
物种的信息（即名称，集成电路，BCS，车厢）作为一个数据框。


参数：reactions
Reaction information tabularized as a dataframe, including string laws and initial fluxes.
反应的信息tabularized一个dataframe，包括的字符串法律和初始通量。


注意----------Note----------

The list output can be attached to immediately define many model variables of interest.
列表输出可以连接到立即定义许多感兴趣的模型变量。


作者（S）----------Author(s)----------


Tom Radivoyevitch



举例----------Examples----------


library(SBMLR)  
curto=readSBMLR(file.path(system.file(package="SBMLR"), "models/curto.r"))  
summary(curto)


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