R语言 SamSPECTRAL包 SamSPECTRAL-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SamSPECTRAL-package(SamSPECTRAL)
SamSPECTRAL-package()所属R语言包：SamSPECTRAL

                                         Identifying cell populations in flow cytometry data.
                                         流式单元仪数据识别的单元群。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Using a faithful sampling procedure, SamSPECTRAL reduces the size of data points such that applying spectral clustering algorithm on large data such as flow cytometry is possible. Before running the spectral clustering algorithm, it uses potential theory to define similarity between sampled points.
使用一个忠实的抽样程序，SamSPECTRAL降低等，运用大量数据，如流式单元仪谱聚类算法是可能的数据点的大小。运行前的谱聚类算法，它采用位势理论确定采样点之间的相似性。


Details

详情----------Details----------

The main function is SamSPECTRAL. It can be loaded using the command library(SamSPECTRAL) in R. Some parameters should be set properly including: dimensions, normal.sigma and separation.factor.  These parameters can be adjusted for a data set by running the algorithm on some samples of that data set. (Normally, 2 or 3 samples are sufficient). Then the function SamSPECTRAL() can be applied to all samples in the data set to identify cell populations in each sample data.
其主要功能是SamSPECTRAL。它可以使用在R命令库（SamSPECTRAL）的某些参数，应正确设置包括：尺寸，normal.sigma和separation.factor加载。这些参数可以调整一些样本数据集上运行的算法的数据集。 （通常情况下，2个或3个样品是足够的）。的的功能SamSPECTRAL（）可以适用于所有样品中设置的数据，以确定每个样本数据的单元群。


作者（S）----------Author(s)----------



Habil Zare and Parisa Shooshtari

Maintainer: Habil Zare <hzare@bccrc.ca>




参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   <code>SamSPECTRAL</code>, <code>Building_Communities</code>, <code>Conductance_Calculation</code>,  <code>Civilized_Spectral_Clustering</code>, <code>Connecting</code>

举例----------Examples----------



        ## Not run: [＃无法运行：]
            library(SamSPECTRAL)

           # Reading data file which has been transformed using log transform[读取数据文件已使用log变换转化]
            data(small_data)
                full <- small
               
            L <- SamSPECTRAL(data.points=full,dimensions=c(1,2,3), normal.sigma = 200, separation.factor = 0.39)
            
            plot(full, pch='.', col= L)
       
## End(Not run)[＃结束（不运行）]


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