R语言 SAGx包 fetchSignal()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

fetchSignal(SAGx)
fetchSignal()所属R语言包：SAGx

                                        Fetch data from the GATC database
                                         从将GATC数据库中取数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Fetch FILENAME, PROBESET, SIGNAL and ABS\_CALL from the GATC database
取文件名，将GATC数据库PROBESET，信号和ABS \ _CALL


用法----------Usage----------


fetchSignal(experiment="AZ33 ALI", channel, chip="HG_U95Av2")



参数----------Arguments----------

参数：experiment
The name of the experiment corresponding to an individual chip
实验的名称，相应的单个芯片


参数：channel
The channel to the database
数据库的通道


参数：chip
the chip type
芯片类型


值----------Value----------

dataframe with columns
列dataframe与


作者（S）----------Author(s)----------


Ported to R by Per Broberg. Original Oracle code by Petter Hallgren, with input from Petra Johansson.



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
# Do not run example 1. Fetch Probeset, Signal, ABS_CALL and CHIP for one sample.[不要运行示例1。取一个样本Probeset，信号，ABS_CALL和芯片。]
library(RODBC)
(channel<-odbcConnect("DSN",uid="USERID",pwd="PASSWORD"))
ali.data <-fetchSignal(experiment="AZ33 ALI", channel, chip="hg_u95a")
colnames(ali.data)
#[1] "FILENAME" "PROBESET" "SIGNAL" "ABS_CALL" "CHIP"[1]“文件名”，“PROBESET”，“信号”，“ABS_CALL”，“芯片”]

# Do not run example 2[不要运行示例2]
t1 <- paste("select q1.name as name from experiment q1, physical_chip q2, chip_design q3")
t2 <- paste("where q1.physical_chip_id=q2.id and q3.id=q2.design_id and ")
t3 <- paste("upper(q1.name) like '
Ids <- sqlQuery(channel,paste(t1,t2,t3) )   
# fetch Signal from GATC corresponding to the U95A chip for all samples in experiment. #[取相应的实验中所有样品的U95A芯片的GATC信号。 ＃]
tmp <- apply(Ids,1,toupper)
probes <- data.frame(fetchSignal(experiment=tmp[1],channel, chip="hg_u95a")[,"PROBESET"])
test <- matrix(nrow=nrow(as.data.frame(probes)),ncol=nrow(Ids))
for(i in 1:nrow(as.data.frame(tmp))){
   test[,i] <- fetchSignal(experiment=tmp[i],channel, chip="hg_u95a")[,"SIGNAL"]
}
codes <- data.frame(apply(Ids,1,code<-function(x) substr(x,1,5)))
colnames(test) <- as.character(t(codes))
test <- test[,order(colnames(test))]

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。