extract.lib(sagenhaft)
extract.lib()所属R语言包：sagenhaft
Functions for SAGE library extraction
SAGE库中提取的功能
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Functions to extract the tags in a library from sequences or base-caller output.
序列或来电碱基输出库函数来提取标签。
用法----------Usage----------
extract.lib.from.zip(zipfile, libname=sub(".zip","",basename(zipfile)),
...)
extract.lib.from.directory(dirname, libname=basename(dirname),
pattern, ...)
extract.library.tags(filelist, base.caller.format="phd",
remove.duplicate.ditags=TRUE,
remove.N=FALSE, remove.low.quality=10,
taglength=10, min.ditag.length=(2*taglength-2),
max.ditag.length=(2*taglength+4),
cut.site="catg", default.quality=NA, verbose=TRUE,
...)
reestimate.lib.from.tagcounts(tagcounts, libname, default.quality=20, ...)
compute.unique.tags(lib)
combine.libs(..., artifacts=c("Linker", "Ribosomal", "Mitochondrial"))
remove.sage.artifacts(lib,
artifacts=c("Linker","Ribosomal","Mitochondrial"),
...)
read.phd.file(file)
read.seq.qual.filepair(file, default.quality=NA)
extract.ditags(sequence, taglength=10, filename=NA,
min.ditag.length=(2*taglength-2),
max.ditag.length=(2*taglength+4), cut.site="catg")
参数----------Arguments----------
参数：zipfile,dirname
Name of a ZIP file or a directory that contains base-caller output files
ZIP文件的名称包含基来电输出文件或目录
参数：libname
libname a character string to be assigned as library name
libname字符串库的名称分配
参数：pattern
Regular expression to specify pattern for the files that will be read
正则表达式来指定将要阅读的文件模式
参数：filelist
List of files to be read
要读取的文件列表
参数：base.caller.format
base.caller.format can be "phd" or "seq" or a character vector of the length of the filelist
base.caller.format可以成为“博士”或“SEQ”的文件列表的长度的字符向量
参数：remove.duplicate.ditags
Remove duplicate ditags. TRUE or FALSE
删除重复ditags。 TRUE或FALSE
参数：remove.N
Remove all tags that contain N. TRUE or FALSE
删除所有标记包含北路TRUE或FALSE
参数：remove.low.quality
Remove all tags with an average quality score of less than remove.low.quality. Skipped if < 0
平均质量得分比remove.low.quality删除所有标签。跳过，如果<0
参数：taglength
Length of tags. Usually 10 or 17
标签的长度。通常为10或17
参数：min.ditag.length,max.ditag.length
Minimum and maximum length for ditags
最小和最大长度为ditags
参数：cut.site
Restriction enzyme cut site. Usually CATG
酶切切割站点。一般CATG
参数：verbose
Display information during process
显示在加工过程中的信息
参数：lib
Library object
库对象
参数：file,filename
Character string indicating file name
显示文件名的字符串
参数：default.quality
Quality value to use on sequences, if quality files are missing
质量值，使用序列，如果缺少质量档案
参数：sequence
Construct containing sequence and quality values returned by read.phd.file or read.seq.qual.filepair
构建含有序列和返回的质量值由read.phd.file或read.seq.qual.filepair
参数：artifacts
Types of artificially generated tags to remove.
人工生成的标签类型删除。
参数：...
Arguments passed on to extraction functions.
参数传递到提取功能。
参数：tagcounts
Tagcounts from library. Integer Vecotor with Tag sequences as names.
Tagcounts从库。名称作为标签序列的的整数Vecotor与。
Details
详情----------Details----------
The functions extract.lib.from.zip or extract.lib.from.directory should be used to extract the SAGE TAGS from the sequences of a library, the sequences need to be provided by the output files from the base caller software either in a ZIP archive or in a directory. These are usually the only functions that should directly be called by the user. The other functions are called by these and should only be used directly by experienced users to get more direct control over the process. Most arguments are passed on and can be specified in the high level functions. Zipfilenames must be specified using relative pathnames!
职能extract.lib.from.zip或extract.lib.from.directory应该被用来提取库的SAGE标签序列，序列必须提供从基来电软件的输出文件在一个ZIP文件，或在目录。这些通常是唯一的职能，应直接由用户调用。其他职能由这些被称为只应该由有经验的用户使用，直接在过程中获得更多的直接控制。大多数参数被传递，并可以在指定的高级别功能。 zipfilenames必须指定使用相对路径！
值----------Value----------
lib returns an SAGE library object.
lib返回SAGE库对象。
作者（S）----------Author(s)----------
Tim Beissbarth
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3> <code>sage.library</code>,
举例----------Examples----------
#library(sagenhaft)[库（sagenhaft）]
#file.copy(system.file("extdata", "E15postHFI.zip",package="sagenhaft"),[file.copy（。系统（“extdata”，“E15postHFI.zip”，“包=”sagenhaft），]
# "E15postHFI.zip")[“E15postHFI.zip”）]
#E15post<-extract.lib.from.zip("E15postHFI.zip", taglength=10,[e15post <-extract.lib.from.zip（“E15postHFI.zip”，taglength = 10，]
# min.ditag.length=20, max.ditag.length=24)[min.ditag.length = 20，max.ditag.length = 24）]
#E15post[e15post]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-26 13:45:40
