R语言 sagenhaft包 error.correction()函数中文帮助文档(中英文对照)

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error.correction(sagenhaft)
error.correction()所属R语言包：sagenhaft

                                        Estimate sequencing errors and compute corrected counts
                                         估计测序错误，并计算校正计数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions are used to compute sequencing error correction in a library. They are automatically called when extracting tags from sequences and therefore usually do not have to be called directly.
这些函数用于计算测序纠错库。他们被自动调用时从序列中提取标签，因此通常不具备直接调用。


用法----------Usage----------


estimate.errors.mean(lib)
compute.sequence.neighbors(tags, taglength=10, quality.scores=NULL,
                           output="character")
em.estimate.error.given(lib, maxstep=50, ...)



参数----------Arguments----------

参数：lib
A sage library object
一位哲人库对象


参数：tags
A character vector or numeric vector containing tags
字符向量或数字向量标签


参数：taglength
length of tag
标签长度


参数：quality.scores
A matrix containing base quality scores as -10 log10 Pe
A矩阵，包含基质量分数为-10 log10的PE


参数：maxstep
iterations of EM algorithm
的EM迭代算法


参数：output
Output type for compute.sequence.neighbors, either character or numeric
compute.sequence.neighbors，也可以是字符或数字的输出类型


参数：...
Other arguments ignored.
忽略其他参数。


作者（S）----------Author(s)----------


Tim Beissbarth



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>  <code>extract.lib</code>,

举例----------Examples----------


library(sagenhaft)
B6Hypo <-read.sage.library(system.file("extdata", "B6HypothalHFI.sage",
                           package="sagenhaft"))
E15post <- read.sage.library(system.file("extdata", "E15postHFI.sage",
                             package="sagenhaft"))
testlib <- combine.libs(B6Hypo, E15post)
testlib <- estimate.errors.mean(testlib)
testlib <- em.estimate.error.given(testlib)
tagneighbors <- compute.sequence.neighbors(testlib$seqs[,"seq"], 10,
                          testlib$seqs[,paste("q", 1:10, sep="")])

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