R语言 Rtreemix包 sim-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sim-methods(Rtreemix)
sim-methods()所属R语言包：Rtreemix

                                        Method for simulating data from a mutagenetic trees mixture model
                                         从致突变的树木混合模型模拟数据的方法

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function draws a certain number of patterns from a specified mutagenetic trees mixture model. Thus, the mixture model has to be specified. When besides the mixture model also the sampling mode and its respective sampling parameter are specified, this function simulates patterns together with their waiting and sampling times from the respective model.
此函数从指定的致突变树木混合模型绘制的图案若干。因此，混合模型进行指定。除了混合模型采样模式和其各自的采样参数被指定，这个功能模拟模式，连同他们的等待和采样时间从各自的模型。


用法----------Usage----------


sim(model, sampling.mode, sampling.param, ...)



参数----------Arguments----------

参数：model
An object of the class RtreemixModel specifying the mutagenetic trees mixture model used for drawing the patterns, or for simulating patterns with their sampling and waiting times.
类RtreemixModel指定的致突变树木混合模型绘制的图案，或模拟其采样模式和等待时间，使用的对象。


参数：sampling.mode
A character that specifies the sampling mode ("constant" or "exponential") used in the time simulations.
一个character指定的时间模拟中使用的采样模式（“不变”或“指数”）。


参数：sampling.param
A numeric that specifies the sampling parameter corresponding to the sampling mode given by sampling.mode.
一个numeric指定采样模式sampling.mode给予相应的采样参数。


参数：...
no.draws is an integer larger than zero specifying the number of patterns that should be drawn from the given mixture model. no.sim is an integer larger than 0 giving the number of iterations for the waiting time simulations. Its default value is 10. seed is a positive integer specifying the random generator seed. Its default value is (-1) and then the time is used as a random generator.  
“no.drawsinteger大于指定数量的模式应该从给定的混合模型得出的零。 no.sim是integer大于0等待时间模拟的迭代次数。它的默认值是10。 seed是一个积极的integer指定的随机生成器的种子。它的默认值是（-1），然后用时间作为随机数发生器。


值----------Value----------

The function returns an RtreemixData object in the case when one wants to draw a certain number of patterns from a given mixture model, i.e. when only the mutagenetic trees mixture model and the number of patterns to be drawn are specified. When besides the model also the sampling mode and the sampling parameter are given, the function returns an object from the RtreemixSim class where the simulated patterns together with their sampling and waiting times are stored.
函数的返回RtreemixData对象的情况下，当一个人想从一个给定的混合模型的若干模式，即仅致突变树木混合模型和模式的数量要绘制指定。除了模型采样模式和采样参数，函数返回从RtreemixSim类模拟模式与他们的采样和等待时间一起存储一个对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Jasmina Bogojeska



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

RtreemixSim-class, RtreemixModel-class, RtreemixData-class
RtreemixSim-class，RtreemixModel-class，RtreemixData-class


举例----------Examples----------


## Create a random RtreemixModel object with 3 branchings and 9 genetic events.[＃创建一个3分枝和9个遗传事件的的随机RtreemixModel对象。]
rand.mod <- generate(K = 3, no.events = 9, noise.tree = TRUE, prob = c(0.2, 0.8))

## Draw 300 samples from the randomly generated model rand.mod [＃从300个样本，随机生成的模型rand.mod]
data <- sim(model = rand.mod, no.draws = 300)
show(data)

## Create an RtreemixSim object by simulating patterns with their sampling and waiting times from a given mixture model.[＃创建RtreemixSim对象通过模拟与他们的抽样模式，并从一个给定的混合模型的等待时间。]
sim.data <- sim(model = rand.mod, sampling.mode = "exponential", sampling.param = 1, no.sim = 100)
show(sim.data)
WaitingTimes(sim.data)
SamplingTimes(sim.data)

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