R语言 rtracklayer包 import.gff()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

import.gff(rtracklayer)
import.gff()所属R语言包：rtracklayer

                                         Importing tracks
                                         导入轨道

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These are the functions for importing RangedData  instances from connections or text.
这些RangedData实例连接或文字输入的功能。


用法----------Usage----------


import.gff(con, version = c("1", "2", "3"), genome = NULL,
           asRangedData = TRUE, colnames = NULL)
import.gff1(con, ...)
import.gff2(con, ...)
import.gff3(con, ...)
import.bed(con, variant = c("base", "bedGraph", "bed15"),
           trackLine = TRUE, genome = NULL,
           asRangedData = TRUE, colnames = NULL, ...)
import.bed15(con, genome = NULL, asRangedData = TRUE, ...)
import.bedGraph(con, genome = NULL, asRangedData = TRUE, ...)
import.wig(con, genome = NULL, asRangedData = TRUE, ...)
import.ucsc(con,
            subformat = c("auto", "gff1", "wig", "bed", "bed15", "bedGraph"),
            drop = FALSE, asRangedData = TRUE, ...)
## not yet supported on Windows
import.bw(con, ...)



参数----------Arguments----------

参数：con
The connection, filename or URL from which to receive the input.  
连接，文件名或URL，从收到输入。


参数：version
The version of <acronym>GFF</acronym> ("1", "2" or "3").  
的版本<acronym>的GFF</的缩写（“1”，“2”或“3”）。


参数：genome
The genome to set on the imported track.  
基因组上设置进口的曲目。


参数：asRangedData
A logical value. If TRUE, a RangedData object is returned. If FALSE, a GRanges object is returned.  
一个逻辑值。如果TRUE中，RangedData对象返回。如果FALSE，农庄对象返回。


参数：variant
Variant of BED lines, not for the user.  
床线，而不是为用户的变种。


参数：trackLine
Whether the <acronym>BED</acronym> data has a track line (it normally does though track lines are not mandatory).  
是否<acronym>BED</首字母缩写>数据有一个轨道线（虽然它通常没有轨道线是不是强制性的）。


参数：subformat
The expected subformat of the <acronym>UCSC</acronym> data. If "auto", automatic detection of the subformat is attempted.  
的UCSC</>的缩写数据的<acronym>预计subformat。如果“自动”，自动检测的subformat尝试。


参数：drop
If TRUE and there is only one track in the <acronym>UCSC</acronym> data, return the track instead of a list.  
如果TRUE有UCSC</>的缩写数据的<acronym>只有一个轨道，返回轨道，而不是一个列表。


参数：colnames
Character vector indicating which columns (excluding the required sequence name, start and end) should be imported. If NULL, all columns are imported. This allows some significant optimizations, especially when it is not necessary to import GFF attributes attributes, which are expensive to parse.
特征向量，指示列（不包括所需的序列的名称，开始和结束）应进口。如果NULL，所有列都是进口的。这使得一些显着的优化，特别是当它是没有必要的导入GFF属性属性，这是昂贵的解析。


参数：...
For import.gff1, import.gff2 and import.gff3: arguments to pass to import.gff. For import.ucsc: arguments to pass on to import.subformat. For the others, arguments to pass to methods. See BigWigFile for additional arguments on import.bw.
为import.gff1，import.gff2和import.gff3：参数传递给import.gff。对于import.ucsc：参数传递到import.subformat。换了别人，参数传递给方法。看到BigWigFile上import.bw额外的参数。


值----------Value----------

For all but import.ucsc, an instance of RangedData (or one of its subclasses) or GRanges if asRangedData is TRUE or FALSE respectively.
对于所有import.ucsc，一个实例RangedData（或它的子类）或GRanges如果asRangedData是TRUE或FALSE分别。

For import.ucsc when drop is FALSE, an instance of RangedDataList or GRangesList if asRangedData is TRUE or FALSE respectively.
import.ucsc当drop是FALSE，RangedDataList或GRangesList如果asRangedData是TRUE或FALSE的实例;


作者（S）----------Author(s)----------


Michael Lawrence and Patrick Aboyoun



参考文献----------References----------





参见----------See Also----------

import for the high-level interface to these routines.
import高层次的接口，这些例程。


举例----------Examples----------


  # import a GFF V2 file[导入GFF V2的文件]
  gffRD <- import.gff(system.file("tests", "v2.gff", package = "rtracklayer"),
                      version = "2")
  gffGR <- import.gff(system.file("tests", "v2.gff", package = "rtracklayer"),
                      version = "2", asRangedData = FALSE)
  # or[或]
  gffRD <- import.gff2(system.file("tests", "v2.gff", package = "rtracklayer"))
  gffGR <- import.gff2(system.file("tests", "v2.gff", package = "rtracklayer"),
                       asRangedData = FALSE)

  # import a WIG file[导入假发文件]
  wigRD <- import.wig(system.file("tests", "bed.wig", package = "rtracklayer"))
  wigGR <- import.wig(system.file("tests", "bed.wig", package = "rtracklayer"),
                      asRangedData = FALSE)
  # or[或]
  wigRD <- import.ucsc(system.file("tests", "bed.wig", package = "rtracklayer"),
                       subformat = "wig", drop = TRUE)
  wigGR <- import.ucsc(system.file("tests", "bed.wig", package = "rtracklayer"),
                       subformat = "wig", drop = TRUE, asRangedData = FALSE)

  # bigWig[头面人物]
## Not run: [＃无法运行：]
  bw <- import(system.file("tests", "test.bw", package = "rtracklayer"),
               ranges = GenomicRanges::GRanges("chr19", IRanges(1, 6e7)))

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。