GRangesForUCSCGenome(rtracklayer)
GRangesForUCSCGenome()所属R语言包：rtracklayer
GRanges for a Genome
农庄的基因组
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
These functions assist in the creation of GRanges in the context of a genome.
这些功能协助创造GRanges在基因组中。
用法----------Usage----------
GRangesForUCSCGenome(genome, chrom = NULL, ranges = NULL, ...)
GRangesForBSGenome(genome, chrom = NULL, ranges = NULL, ...)
参数----------Arguments----------
参数：genome
A string identifying a genome, usually one assigned by UCSC, like "hg19".
确定基因组的一个字符串，通常是一个分配像“hg19”，由加州大学圣克鲁兹分校。
参数：chrom
A character vector of chromosome names, or NULL.
特征向量号染色体的名称，或NULL。
参数：ranges
A Ranges object with the intervals.
一个Ranges对象的时间间隔。
参数：...
Additional arguments to pass to the GRanges constructor.
额外的参数传递给GRanges构造。
Details
详情----------Details----------
The genome ID is stored in the metadata of the ranges and is retrievable via the genome function. The sequence lengths are also properly initialized for the genome. This mitigates the possibility of accidentally storing intervals for the wrong genome.
基因组ID范围的元数据存储和检索是通过genome功能。基因组序列的长度也正确初始化。这减轻了意外存储错误的基因组区间的可能性。
GRangesForUCSCGenome obtains sequence information from the UCSC website, while GRangesForBSGenome looks for it in an installed BSGenome package. Using the latter is more efficient in the long-run, but requires downloading and installing a potentially large genome package, or creating one from scratch if it does not yet exist for the genome of interest.
GRangesForUCSCGenome获得序列从UCSC网站的信息，而GRangesForBSGenome它看起来在安装BSGenome包。后者是在术语更有效，但需要下载和安装一个潜在的大基因组包，或从头开始创建一个，如果它不感兴趣的基因组存在。
值----------Value----------
A GRanges object, with the appropriate seqlengths and genome ID.
一个GRanges对象，适当seqlengths和genome编号。
作者（S）----------Author(s)----------
Michael Lawrence
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 13:38:53
