R语言 rtracklayer包 Chain-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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Chain-class(rtracklayer)
Chain-class()所属R语言包：rtracklayer

                                        Chain objects
                                         链中的对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A Chain object represents a UCSC chain alignment, typically imported from a chain file, and is essentially a list of ChainBlock objects. Each ChainBlock has a corresponding chromosome (its name in the list) and is a run-length encoded alignment, mapping a set of intervals on that chromosome to intervals on the same or other chromosomes.
一个Chain对象代表加州大学圣克鲁兹分校链对齐，通常从一个chain文件导入，本质上是一个ChainBlock对象名单。每个ChainBlock有相应的染色体（其列表中的名称），是一个运行长度编码对齐，绘制一组间隔相同或其他染色体上，染色体的间隔。


存取方法----------Accessor Methods----------

In the code snippets below, x and object are ChainBlock objects.
在下面的代码片段，x和object是ChainBlock的对象。

ranges(x): Get the Ranges object holding the starts and ends of the "from" ranges. Each range is a contiguous block of positions aligned without gaps to the other sequence.
ranges(x)：Ranges对象“，从”范围的开始和完。每个范围是连续块的差距没有其他的顺序排列的位置。

offset(x): Integer offset from the "from" start to the "end" start (which could be in another chromosome).
offset(x)：“从”开始“结束”（这可能是在另一个染色体）开始的整数偏移。

score(x): The score for each mapping.
score(x)：为每个映射的得分。

space(x): The space (chromosome) of the "to" range.
space(x)：“到”范围的空间（染色体）。

reversed(x): Whether the mapping inverts the region, i.e., the alignment is between different strands.
reversed(x)：映射是否反转区域，即对准不同流派之间。


进口----------Import----------

import.chain(con, exclude = "_", ...): Imports a chain file named con as a Chain object, a list of ChainBlocks. Alignments for chromosomes matching the exclude pattern are not imported.
import.chain(con, exclude = "_", ...)：进口链文件名为conChain对象一个ChainBlock的列表。为匹配exclude模式的染色体的路线不会被导入。


注意----------Note----------

A chain file essentially details many local alignments, so it is possible for the "from" ranges to map to overlapping regions in the other sequence. The "from" ranges are guaranteed to be disjoint (but do not necessarily cover the entire "from" sequence).
A链文件，基本上很多细节地方的路线，所以它有可能为“从”范围映射到重叠的区域在其他序列。 “从”的范围，保证不相交（但不一定涵盖整个“从”序）。


作者（S）----------Author(s)----------


Michael Lawrence



参见----------See Also----------

liftOver for performing lift overs using a chain alignment
liftOver执行电梯接管链对齐

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注：
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