R语言 RTools4TB包 plotGeneExpProfiles()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotGeneExpProfiles(RTools4TB)
plotGeneExpProfiles()所属R语言包：RTools4TB

                                        Visualization of transcriptional signature profiles.
                                         转录签名型材的可视化。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is used to visualize expression profiles of transcriptional signatures stored in a DBFMCLresult object or in a tab-delimited file.
使用此功能的，在DBFMCLresult对象或制表符分隔的文件中存储的转录签名的可视化表达谱。


用法----------Usage----------


plotGeneExpProfiles(data = NULL, filename = NULL, path = ".", signatures = NULL, saveHTML = FALSE, filename.out = NULL, X11 = TRUE, verbose = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：data
a DBFMCLresult class object or a matrix.
1 DBFMCLresult类对象或矩阵。


参数：filename
a character string representing the file name (if data are loaded from a flat file).
一个字符串，代表文件名（如果数据从平面文件加载）。


参数：path
a character string representing the data directory.
一个字符串，代表数据目录。


参数：signatures
a vector that indicates which signatures to plot.
一个向量，表示绘制的签名。


参数：saveHTML
if set to TRUE a HTML file is created.
如果设置为TRUE，创建一个HTML文件。


参数：filename.out
a character string representing the HTML file name (if saveHTML=TRUE).
一个字符串，代表HTML文件的名称（如果saveHTML=TRUE）。


参数：X11
if set to TRUE a new graphic windows is generated.
如果设置为TRUE，一个新的图形窗口生成。


参数：verbose
if set to TRUE the function runs verbosely.
如果设置为TRUE，函数运行冗长。


Details

详情----------Details----------

Mean expression profile is highlighted in green.
以绿色突出显示的意思表达谱。


作者（S）----------Author(s)----------


Bergon A., Lopez F., Textoris J., Granjeaud S. and Puthier D.



参考文献----------References----------

flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene Expression Omnibus database. PLoSONE, 2008;3(12):e4001.

参见----------See Also----------

matplotProfiles
matplotProfiles


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
# Please check that the directory is writable[请检查该目录是可写的]
# before using the following code [使用下面的代码之前，]
library(ALL)
data(ALL)
ALLnorm <- doNormalScore(exprs(ALL))
res <- DBFMCL(data=ALLnorm, name="ALLout")
plotGeneExpProfiles(res)
plotGeneExpProfiles(res, signatures=1:2)
plotGeneExpProfiles(res, signatures=1:2, saveHTML=TRUE)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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