R语言 RTools4TB包 getExpressionMatrix()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getExpressionMatrix(RTools4TB)
getExpressionMatrix()所属R语言包：RTools4TB

                                        A function to fetch an expression matrix from the TranscriptomeBrowser database.
                                         函数来获取表达矩阵从TranscriptomeBrowser数据库。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function takes a signature ID as input and retrieves the corresponding expression matrix from the TranscriptomeBrowser database (http://tagc.univ-mrs.fr/tbrowser).
此功能作为输入的签名ID和相应的表达矩阵从TranscriptomeBrowser数据库（http://tagc.univ-mrs.fr/tbrowser）的检索。


用法----------Usage----------


getExpressionMatrix(signatureID = NULL, verbose = TRUE, save = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：signatureID
a TBrowserDB signature ID (e.g., "0AC1A39A5"), which can be obtained using the getSignatures function.
1 TBrowserDB签名ID（例如，“0AC1A39A5”），这可以通过使用getSignatures功能。


参数：verbose
if set to TRUE the function runs verbosely.
如果设置为TRUE，函数运行冗长。


参数：save
if set to TRUE data are stored onto disk.
如果设置为TRUE，数据存储到磁盘。


值----------Value----------

A data.frame containing the expression matrix of the requested signature. The first two columns store probe and gene informations and additional columns contain expression values. for corresponding samples (as columns)
一个data.frame包含请求签名表达矩阵。前两列商店探针和基因信息和额外的列包含表达式的值。相应的样品（列）


作者（S）----------Author(s)----------


Bergon A., Lopez F., Textoris J., Granjeaud S. and Puthier D.



参考文献----------References----------

flexible toolbox to explore productively the transcriptional landscape of the Gene Expression Omnibus database. PLoSONE, 2008;3(12):e4001.

举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
## what are the TBrowserDB signatures that contain both XBP1, GATA3 and ESR1 ?[＃什么是包含两个XBP1的，GATA3和ESR1 TBrowserDB签名？]
library(RColorBrewer)
res <- getSignatures(field="gene", value="XBP1 &amp; GATA3 &amp; ESR1")
res

# Retrieve expression matrix for the second signature.[检索第二个签名，表达矩阵。]
em <- getExpressionMatrix(signatureID = "3DE64836D")

#Getting gene names and sample informations[获得基因名称和样品信息]
geneNames <- paste(em[,1],em[,2],sep="||")
em <- as.matrix(em[,-c(1,2)])
samplesInfo <- getTBInfo(field="samples", value = "3DE64836D")
ind <- match(colnames(em), samplesInfo[,1])
colnames(em) <- samplesInfo[ind,2]

# Heatmap[热图]
col <- colorRampPalette(brewer.pal(10, "RdBu"))(256)
split <- strsplit(colnames(em)," (", fixed=TRUE)
pheno <- unlist(lapply(split,"[",1))
pheno <- as.factor(pheno)
levels(pheno) <- 1:5
cc <- rainbow(5, start=0, end=.3)
cc <- cc[pheno]
heatmap(em, Rowv=FALSE, Colv=FALSE, col=col, ColSideColors=cc, labRow=geneNames,cexRow=0.3)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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