ScanBcfParam-class(Rsamtools)
ScanBcfParam-class()所属R语言包：Rsamtools
Parameters for scanning VCF / BCF files
VCF的/ BCF文件的扫描参数
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Use ScanBcfParam() to create a parameter object influencing the "INFO" and "GENO" fields parsed, and which recrods are imported from a BCF file. Use of which requires that a BCF index file (<filename>.bci) exists.
使用ScanBcfParam()影响“信息”和“基因型”领域的解析，并recrods进口的BCF文件从创建一个参数对象。使用which需要，BCF索引文件（<filename>.bci）存在。
用法----------Usage----------
ScanBcfParam(info=character(), geno=character(), trimEmpty=TRUE,
which, ...)
## S4 method for signature 'missing'
ScanBcfParam(info=character(), geno=character(), trimEmpty=TRUE,
which, ...)
## S4 method for signature 'RangesList'
ScanBcfParam(info=character(), geno=character(), trimEmpty=TRUE,
which, ...)
## S4 method for signature 'RangedData'
ScanBcfParam(info=character(), geno=character(), trimEmpty=TRUE,
which, ...)
## S4 method for signature 'GRanges'
ScanBcfParam(info=character(), geno=character(), trimEmpty=TRUE,
which, ...)
ScanVcfParam(info=character(), geno=character(), trimEmpty=TRUE,
which, ...)
## Accessors
bcfInfo(object)
bcfGeno(object)
bcfTrimEmpty(object)
bcfWhich(object)
vcfInfo(object)
vcfGeno(object)
vcfTrimEmpty(object)
vcfWhich(object)
参数----------Arguments----------
参数：info
A character() vector of "INFO" fields (see scanVcfHeader) to be returned. Not currently implemented.
“信息”字段（见scanVcfHeader）要返回的字符（）向量。目前尚未实现。
参数：geno
A character() vector of "GENO" fields (see scanVcfHeader) to be returned. character(0) returns all fields, NA_character_ returns none.
“基因型”字段（见scanVcfHeader）要返回的字符（）向量。 character(0)返回的各个领域，NA_character_返回None。
参数：trimEmpty
A logical(1) indicating whether "GENO" fields with no values should be returned.
（1）表明“基因型”字段没有值是否应该返回一个逻辑。
参数：which
An object, for which a method is defined (see usage, above), describing the sequences and ranges to be queried. Variants whose POS lies in the interval(s) [start, end) are returned. Methods defined for ScanBcfParam are available for ScanVcfParam.
一个对象，方法定义（见用法，以上），要查询的序列和范围。变种的POS在于间隔（S）[start, end)返回。 ScanBcfParam定义的方法是可用ScanVcfParam。
参数：object
An instance of class ScanBcfParam.
实例类ScanBcfParam。
参数：...
Arguments used internally.
参数内部使用。
类的对象----------Objects from the Class----------
Objects can be created by calls of the form ScanBcfParam().
创建对象可以通过检测的形式ScanBcfParam()。
插槽----------Slots----------
which: Object of class "RangesList" indicating
which：Object类的"RangesList"说明
info: Object of class "character" indicating
info：Object类的"character"说明
geno: Object of class "character" indicating
geno：Object类的"character"说明
trimEmpty: Object of class "logical" indicating
trimEmpty：Object类的"logical"说明
functionas和方法----------Functionas and methods----------
See 'Usage' for details on invocation.
在调用的详细信息，请参阅“用法”。
Constructor:
构造：
ScanVcfParam, ScanBcfParam: Returns a ScanVcfParam or ScanBcfParam object. The which argument to the
ScanVcfParam，ScanBcfParam：返回一个ScanVcfParam或ScanBcfParam对象。 which参数
Accessors:
存取：
bcfInfo, bcfGeno, bcfTrimEmpty, bcfWhich: Return the
返回bcfInfo bcfGeno，bcfTrimEmpty，bcfWhich：
Methods:
方法：
show Compactly display the object.
显示紧显示对象。
作者（S）----------Author(s)----------
Martin Morgan <a href="mtmorgan@fhcrc.org">mtmorgan@fhcrc.org</a>
参见----------See Also----------
scanVcf
scanVcf
举例----------Examples----------
p0 <- ScanVcfParam()
## subset of reads based on genomic coordinates[＃读取的子集基于基因组坐标]
which <- RangesList(seq1=IRanges(1000, 2000),
seq2=IRanges(c(100, 1000), c(1000, 2000)))
p1 <- ScanVcfParam(which=which)
## return only specified GENO field(s)[＃返回唯一指定的基因型领域（）]
p2 <- ScanVcfParam(geno="GT", which=which)
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发表于 2012-2-26 13:30:01
