R语言 Rsamtools包 readPileup()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readPileup(Rsamtools)
readPileup()所属R语言包：Rsamtools

                                         Import samtools 'pileup' files.
                                         导入samtools“堆积”的文件。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Import files created by evaluation of samtools' pileup -cv command.
评价samtoolspileup -cv命令创建导入文件。


用法----------Usage----------


readPileup(file, ...)
## S4 method for signature 'connection'
readPileup(file, ..., variant=c("SNP", "indel", "all"))



参数----------Arguments----------

参数：file
The file name, or connection, of the pileup output file to be parsed.
文件名，或connection堆积输出文件进行解析。


参数：...
Additional arguments, passed to methods. For instance, specify variant for the readPileup,character-method.
额外的参数，传递给方法。例如，指定variant：readPileup，字符的方法。


参数：variant
Type of variant to parse; select one.
解析变种类型;选择之一。


值----------Value----------

readPileup returns a GRanges object.
readPileup返回GRanges对象。

The value returned by variant="SNP" or variant="all" contains:
返回的值variant="SNP"或variant="all"包含：




space: The chromosome names (fastq ids) of the reference
空间：参考（IDS fastq染色体的名字）




position: The nucleotide position (base 1) of the variant.
位置：核苷酸位置变异（基数为1）。




referenceBase: The nucleotide in the reference sequence.
referenceBase：在参考序列的核苷酸。




consensusBase; The consensus nucleotide, as determined by
consensusBase;核苷酸的共识，所确定的




consensusQuality: The phred-scaled consensus quality.
consensusQuality：PHRED规模共识质量。




snpQuality: The phred-scaled SNP quality (probability of the
snpQuality：“PHRED规模的SNP质量（概率




maxMappingQuality: The root mean square mapping quality of reads
maxMappingQuality：根意味着平方米的读取映射质量




coverage: The number of reads covering the site.
报道：读取的数量，覆盖的网站。

The value returned by variant="indel" contains space, position, reference, consensus, consensusQuality, snpQuality, maxMappingQuality, and coverage fields, and:
variant="indel"返回值包含空间，位置的参考，达成共识，consensusQuality，snpQuality，maxMappingQuality，覆盖领域，




alleleOne, alleleTwo The first (typically, in the reference
（通常，在参考alleleOne，alleleTwo




alleleOneSupport, alleleTwoSupport The number of reads
alleleOneSupport，alleleTwoSupport读取数




additionalIndels The number of additional indels present.
additionalIndels的目前附加INDELS的数量。


作者（S）----------Author(s)----------



Sean Davis




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------



fl <- system.file("extdata", "pileup.txt", package="Rsamtools")
(res <- readPileup(fl))
xtabs(~referenceBase + consensusBase, elementMetadata(res))[DNA_BASES,]

## Not run: ## uses a pipe, and arguments passed to read.table[＃运行：＃使用管道和参数传递到read.table]
## three successive piles of 100 records each[连续三个桩100条记录]
cmd <- "samtools pileup -cvf human_b36_female.fa.gz na19240_3M.bam"
p <- pipe(cmd, "r")
snp &lt;- readPileup(p, nrow=100)  # variant="SNP"[变种=“单核苷酸多态性”]
indel <- readPileup(p, nrow=100, variant="indel")
all <- readPileup(p, nrow=100, variant="all")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]


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