R语言 RpsiXML包 validatePSIMI25()函数中文帮助文档(中英文对照)

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validatePSIMI25(RpsiXML)
validatePSIMI25()所属R语言包：RpsiXML

                                         Validating PSI-MI 2.5 file with MIF25 XML schema
                                         验证PSI的心梗2.5文件与MIF25 XML架构

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function validates given PSI-MI 2.5 file with MIF25 XML schema provided by the Molecular Interactions Workgroup of HUPO Proteomics Standards Initiative
功能验证PSI心梗2.5 MIF25 HUPO蛋白质组学标准倡议分子间的相互作用工作组提供的XML架构文件


用法----------Usage----------


validatePSIMI25(file,
schema = system.file("extdata/schemas/MIF25.xsd", package = "RpsiXML"),
ignore.stderr = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：file
The name or the URL of the file to be validated  
要验证的名称或文件的URL


参数：schema
The schema file of PSI-MI 2.5 file format by default  
架构文件的PSI-MI 2.5默认的文件格式


参数：ignore.stderr
Whether to print out errors in the console  
是否在控制台打印出错误


Details

详情----------Details----------

We advice to set "ignore.stderr=FALSE" for the first time of validating. The error number of the file will be printed in the console. When the number is not 0, one can set "ignore.stderr=TRUE" and see the errors produced during the validation.
我们建议为验证首次“ignore.stderr = FALSE”。文件的错误号码将被打印在控制台。当数不为0，可以设置“ignore.stderr = TRUE，”看到验证过程中产生的错误。


值----------Value----------

The number of errors in validating the file
在验证文件的错误


注意----------Note----------

This function sofar depends on the tool "xmllint" bundled with libxml2 library. We plan to compile it later to run independent of the tool.
此功能SOFAR取决于工具“xmllint”捆绑libxml2库。我们计划到编译后独立运行的工具。


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang <jitao_david.zhang@roche.com>, Tony Chiang <tchiang@ebi.ac.uk>



参考文献----------References----------

PSI-MI 2.5 XML schema http://psidev.sourceforge.net/mi/rel25/src/MIF25.xsd

举例----------Examples----------


okFile <- system.file("extdata/psi25files/intact_2008_test.xml",
                      package="RpsiXML")
validatePSIMI25(okFile)

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