R语言 RpsiXML包 translateID()函数中文帮助文档(中英文对照)

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translateID(RpsiXML)
translateID()所属R语言包：RpsiXML

                                         Finds identifiers of a given object
                                         查找一个给定对象的标识符。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

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用法----------Usage----------


translateID(r, ...)



参数----------Arguments----------

参数：r
An object of psimi25Graph, psimi25Hypergraph, psimi25Interactor or a list of psimi25Interactor
一个对象psimi25Graph，psimi25Hypergraph，psimi25Interactor或psimi25Interactor的名单


参数：...
the symbol of the ID to translate
翻译的ID符号


Details

详情----------Details----------

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值----------Value----------

The object of the same class as the parameter
同一类对象作为参数


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang <jitao_david.zhang@roche.com>



参见----------See Also----------

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举例----------Examples----------


xmlDir <- system.file("/extdata/psi25files",package="RpsiXML")

hprdxml <- file.path(xmlDir, "hprd_200709_test.xml")
hprdSet <- parsePsimi25Interaction(hprdxml, HPRD.PSIMI25)

it <- interactors(hprdSet)[[1]]
translateID(it, "uniprot")
translateID(it, "entrezgene")

##Not run[＃无法运行]
intactxml <- file.path(xmlDir, "intact_2008_test.xml")
intactSet <- parsePsimi25Interaction(intactxml, INTACT.PSIMI25)
intactGraph <- psimi25XML2Graph(intactxml, INTACT.PSIMI25)
intactGraphNew &lt;- translateID(intactGraph,"sourceId")## translate the nodes of the graph to another identifier[＃转换图的节点到另一个标识符]
                              
intactSetInteractors <- interactors(intactSet)
intactXrefExample <- xref(intactSetInteractors[[1]])
translateID(intactSetInteractors,"intact")
translateID(intactSetInteractors[[1]],"intact")

intactComplexxml <- file.path(xmlDir,"intact_complexSample.xml")
intactComplexSet <- parsePsimi25Complex(intactComplexxml, INTACT.PSIMI25)
intactComplexGraph <- psimi25XML2Graph(intactComplexxml, INTACT.PSIMI25, type="complex")
translateID(intactComplexGraph, "intact", "P49432")
translateID(intactComplexGraph, "intact", NA)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]


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