R语言 RpsiXML包 buildPCHypergraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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buildPCHypergraph(RpsiXML)
buildPCHypergraph()所属R语言包：RpsiXML

                                         Build protein complex hypergraph from PSI-MI 2.5 files
                                         建立蛋白复合物的超图的PSI-MI 2.5文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The protein complexes can be represented by hypergraph models, with proteins as nodes and complexes as hypergraphs. This function builds protein complex hypergraph from one or more PSI-MI 2.5 files (complex mode), with the option to split the dataset by organism name or taxonomy ID of the complexes.
蛋白复合物，可以由超图模型，作为节点和蛋白质复合物作为超图。这个函数从一个或多个PSI心梗2.5文件（复杂模式）选择数据集分割配合物的生物体的名称或分类编号，建立蛋白质复合体的超图。


用法----------Usage----------


buildPCHypergraph(xmlFiles, psimi25source, split.by = c("none", "organismName", "taxId"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：xmlFiles
PSI-MI 2.5 files, must be of complex mode.  
PSI  -  MI 2.5的文件，必须是复杂的模式。


参数：psimi25source
PSI-MI 2.5 source indicator, for example INTACT.PSIMI25 for files from IntAct database
的PSI-MI 2.5源指标例如INTACT.PSIMI25，从完整的数据库文件


参数：split.by
The qualifier to split the dataset, none specifies not to split the dataset, organismName and taxId splits the dataset according to organism name or taxonomy ID respectively. In the case of splitting, the results are a list of hypergraphs indexed by respective split qualifier
限定符分割的数据集，none指定不分裂的数据集，organismName和taxId分割的数据集，根据生物体的名称或分类编号分别。在分裂的情况下，结果是超图索引由各自分割预选赛名单


参数：...
other parameters passed to parsePsimi25Complex
其他参数传递parsePsimi25Complex


Details

详情----------Details----------

See psimi25Hypergraph-class for the use of resulting hypergraphs and examples.
看到psimi25Hypergraph-class导致超图和例子的使用。


值----------Value----------

In case the dataset is not split (by setting the option split.by as none, the result is a psimi25Hypergraph-class object. If the dataset was split, a list of psimi25Hypergraph-class is returned, which is indexed by either the organism name or the taxonomy ID.
数据集的情况下不会被分割（通过设置选项split.bynone，结果是一个psimi25Hypergraph-class对象。如果数据集被分裂，psimi25Hypergraph-class列表回来了，这是由生物体的名称或分类编号索引。


作者（S）----------Author(s)----------


Jitao David Zhang <jitao_david.zhang@roche.com>



参见----------See Also----------

psimi25Hypergraph-class for the use of hypergraph objects, separateXMLDataByExpt for similar
psimi25Hypergraph-class使用超图对象，separateXMLDataByExpt类似


举例----------Examples----------


xmlDir <- system.file("/extdata/psi25files",package="RpsiXML")
intactComplexxml <- file.path(xmlDir,"intact_complexSample.xml")

pc2 <- buildPCHypergraph(intactComplexxml, INTACT.PSIMI25,split.by="organismName")

pc2[2]
complexes(pc2[[2]])[1:3]

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