R语言 Rolexa包 TileImage()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

TileImage(Rolexa)
TileImage()所属R语言包：Rolexa

                                        Reconstruct tile image
                                         重建瓷砖形象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate an image of the local intensity average
生成一个本地的强度平均形象


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'SolexaIntensity'
TileImage(int,cycle,tile,channel=c('A','C','G','T'),ncell=30)
TileImage(int,...)



参数----------Arguments----------

参数：int
a SolexaIntensity object
SolexaIntensity对象


参数：cycle
the cycle to make an image of
循环，使图像


参数：tile
the tile to make an image of
瓷砖，使图像


参数：channel
the channel ('A', 'C', 'G' or 'T') to make an image of
（“A”，“C”，“G”或“T”），使图像的通道


参数：ncell
the number of divisions in each dimension for the image
师的形象在每个维度的数量


参数：...
additional arguments, ignored
额外的参数，忽略


Details

详情----------Details----------

TileImage creates an image of the intensity on a tile, in a given channel and at a given cycle. The tile is divided into ncell*ncell cells and the average intensity in each cell is represented on a color scale.
TileImage创建一个瓷砖强度的形象，在一个给定的通道，并在给定的周期。瓷砖分为ncell*ncell单元，并在每个单元的平均强度上的色阶代表。


作者（S）----------Author(s)----------


Jacques Rougemont, Arnaud Amzallag, Christian Iseli, Laurent Farinelli, Ioannis Xenarios, Felix Naef



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


path = SolexaPath(system.file("extdata", package="ShortRead"))
rolenv = SetModel(idsep="_")
int = readIntensities(path,pattern="s_1_0001",withVariability=FALSE)
par(mfrow=c(2,2))
for (c in c('A','C','G','T'))
    TileImage(int=int,cycle=1,tile=readInfo(int)$tile[1],channel=c,ncell=5)
int2 = TileNormalize(rolenv,int=int,cycles=1)
x11()
par(mfrow=c(2,2))
for (c in c('A','C','G','T'))
    TileImage(int=int2,cycle=1,tile=readInfo(int)$tile[1],channel=c,ncell=5)

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