R语言 Rolexa包 SeqScore()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

SeqScore(Rolexa)
SeqScore()所属R语言包：Rolexa

                                        Fit and Plot intensities
                                         适应和图强度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Model-based classification of intensity data points, to
基于模型的强度数据点的分类，


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'RolexaRun'
SeqScore(run=Rolexa.env,int,seqInit,colonies,cycles,plot=FALSE)
SeqScore(run,...)



参数----------Arguments----------

参数：run
a RolexaRun object defining the run parameters
RolexaRun对象定义的运行参数


参数：int
a SolexaIntensity object
SolexaIntensity对象


参数：seqInit
a ShortRead object
ShortRead对象


参数：colonies
which colonies to select
殖民地选择


参数：cycles
which cycles to select
周期选择


参数：plot
if TRUE do a plot rather then perform a base-calling
如果真不图而不是执行一个基本通话


参数：...
additional arguments, ignored
额外的参数，忽略


Details

详情----------Details----------

This will use the EEV model of mclust to fit the data clouds with a mixture of 4 gaussian distributions. and generate a list of tags and entropy scores for each sequenced colony (if plot is FALSE) or  plots two 2-dimensional projections for each selected cycle with gaussian parameters represented by standard ellipses and data points colored according to the induced classification.
这将使用EEV的mclust模式，以适应混合4高斯分布的数据云。并生成一个标签和熵分数为每个序列的殖民地名单（plot如果是FALSE）或绘制2维为每个选定的周期与标准的椭圆形和数据所代表的高斯参数的预测指出根据诱导分类着色。

If fit is TRUE, then the EM algorithm is run to convergencce, otherwise only an E-step and an M-step are performed to evaluate the probabilities.
如果fit为TRUE，那么EM算法的运行convergencce，否则只有一个E步和M步进行评估的概率。

The fitting procedure then uses HThresholds to decide if a base is unambiguous and if degenerate IUPAC codes will be used.
拟合程序，然后使用HThresholds，以决定是否碱基是明确的，如果堕落的IUPAC代码将使用。


值----------Value----------

if plot is FALSE, SeqScore returns a list with an id slot containing the colonies coordinates, an sread slot which is a DNAStringSet
如果plot是假的，SeqScore返回id包含的殖民地坐标插槽，sread槽这是一个DNAStringSet的名单


作者（S）----------Author(s)----------


Jacques Rougemont, Arnaud Amzallag, Christian Iseli, Laurent Farinelli, Ioannis Xenarios, Felix Naef



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


path = SolexaPath(system.file("extdata", package="ShortRead"))
rolenv = SetModel(idsep="_")
int = readIntensities(path,pattern="s_1_0001",withVariability=FALSE)
seq = CombineReads(run=rolenv,path=path,pattern="s_1_0001_seq*")
results = SeqScore(run=rolenv,int=int,seqInit=seq,cycles=1:10)
results$sread

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。