R语言 Rolexa包 SaveResults()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

SaveResults(Rolexa)
SaveResults()所属R语言包：Rolexa

                                        SaveResults
                                         SaveResults

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Read and write data in a convenient form for Rolexa base-calling
读写数据在方便的形式为基致电Rolexa


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'RolexaRun'
SaveResults(run=Rolexa.env,results,outpath,prefix="rs_")
SaveResults(run,...)
## S4 method for signature 'RolexaRun,SolexaPath'
CombineReads(run=Rolexa.env,path,pattern="s_[1-8]_0[01][0-9]*_seq*")
CombineReads(run,path,...)
## S4 method for signature 'RolexaRun,SolexaPath'
CombineFastQ(run=Rolexa.env,path,pattern="s_[1-8]_0[01][0-9]*",sext="_seq*",pext="_prb*")
CombineFastQ(run,path,...)



参数----------Arguments----------

参数：run
a RolexaRun object defining the run parameters
RolexaRun对象定义的运行参数


参数：results
a results list, as given by FilterResults or SeqScore
结果列表，FilterResults或SeqScore


参数：outpath
a directory name for the output files
为输出文件的目录名


参数：path
a SolexaPath object
1 SolexaPath对象


参数：prefix
a prefix string for output file names
一个输出文件名的前缀字符串


参数：pattern
a pattern for selecting Solexa output files, see readXStringColumns
选择公司Solexa输出文件的模式，请参阅readXStringColumns


参数：sext
file extension tag for sequence files readPrb
文件扩展标签序列文件readPrb的


参数：pext
file extension tag for prb files, see  
PRB文件的文件扩展标记，请参阅


参数：...
additional arguments, ignored
额外的参数，忽略


Details

详情----------Details----------

CombineReads reads "\_seq" files and splits the columns to create a ShortRead object, CombineFastQ reads "\_seq" and "\_prb" files and combines them into a ShortReadQ object, SaveResults creates a ShortReadQ objects from the output of FilterResults and writes it to a file using writeFastq.
CombineReads读“\ _seq”的文件和拆分的列，创建一个对象ShortRead，CombineFastQ读取\ _seq“和”\ _prb“的文件，并结合他们成ShortReadQ对象，SaveResults从FilterResults的输出1创建ShortReadQ的对象和它写入到一个文件中使用writeFastq。


值----------Value----------

CombineReads returns a ShortRead object, CombineFastQ returns a ShortReadQ object,
CombineReads返回一个ShortRead对象，CombineFastQ返回ShortReadQ的对象，


作者（S）----------Author(s)----------


Jacques Rougemont, Arnaud Amzallag, Christian Iseli, Laurent Farinelli, Ioannis Xenarios, Felix Naef



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>  readFastq to read fastq files, <code>SeqScore</code> and <code>FilterResults</code> to
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