R语言 Rolexa包 ForkBatch()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

ForkBatch(Rolexa)
ForkBatch()所属R语言包：Rolexa

                                        Multi-threaded Probabilistic Base Calling
                                         多线程的概率相应的呼唤

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Performs multi-threaded base calling on a collection of
执行多线程基础上的集合


用法----------Usage----------


ForkBatch(run=Rolexa.env,path,outpath="./",prefix="rs_",nthreads=3,nfiles=2,lane=1,tiles=1:100,...)
## S4 method for signature 'RolexaRun'
OneBatch(run,path,lane,tiles,outpath,prefix)
OneBatch(run,...)



参数----------Arguments----------

参数：run
a RolexaRun object defining the run parameters
1 RolexaRun对象定义的运行参数


参数：path
a SolexaPath object defining providing the input paths
1 SolexaPath对象界定提供的输入路径


参数：outpath
the path to the output directory
输出目录的路径


参数：prefix
output file prefix, see SaveResults
输出文件的前缀，看到SaveResults


参数：nthreads
number of threads to use
要使用的线程数


参数：nfiles
number of input files to concatenate in one batch
串连在一个批处理中输入文件的数量


参数：lane
the lane number to analyze
车道数分析


参数：tiles
a subset of tiles to read
读了瓷砖的子集


参数：...
further arguments passed to the RolexaRun constructor
传递进一步的RolexaRun构造参数


Details

详情----------Details----------

The function ForkBatch runs through the list of input files, concatenates them by batches of nfiles, then calls OneBatch in each of the nthreads threads until all batches have been processed. Each batch results are passed to FilterResults and saved in an output file inside outpath.
通过输入文件列表中的功能ForkBatch运行，连接这些批次nfiles，然后调用OneBatchnthreads线程，直到所有的批次已处理。每批结果被传递到FilterResults保存在输出文件里面outpath。


作者（S）----------Author(s)----------


Jacques Rougemont, Arnaud Amzallag, Christian Iseli, Laurent Farinelli, Ioannis Xenarios, Felix Naef



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

CombineFastQ, CombineReads and SaveResults
CombineFastQ，CombineReads和SaveResults


举例----------Examples----------


path = SolexaPath(system.file("extdata", package="ShortRead"))
rolenv = SetModel(idsep="_")
## Not run: [＃无法运行：]
#This will take some time to complete:[这将需要一些时间来完成：]
library(fork)
ForkBatch(run=rolenv,path=path,tiles=1)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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