R语言 Rolexa包 FilterResults()函数中文帮助文档(中英文对照)

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FilterResults(Rolexa)
FilterResults()所属R语言包：Rolexa

                                        FilterResults
                                         FilterResults

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Filter basecalling results to keep only high-quality bases
过滤basecalling结果只保留高品质的碱基


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'RolexaRun'
FilterResults(run=Rolexa.env,results)
FilterResults(run,...)



参数----------Arguments----------

参数：run
a RolexaRun object defining the run parameters
1 RolexaRun对象定义的运行参数


参数：results
a results object from SeqScore
一个结果反对从SeqScore


参数：...
additional arguments, ignored
额外的参数，忽略


Details

详情----------Details----------

FilterResults filters the sequences according to the entropy thresholds set by  IThresholds and applies the tag length cutoff MinimumTagLength.
FilterResults过滤序列根据熵IThresholds设置阈值和适用标签长度截止MinimumTagLength。

The algorithm works as follows: for each tag the base entropies are searched for a sub-vector k+1:l such that sum(entropy[n,5+k+1:l])<=IThresholds[l]  where l=MinimumTagLength. If such a sub-vector exists, it is then extended in both direction until the total entropy exceeds the threshold: sum(results[n,5+k1:k2])>IThresholds[k2-k1+1].
该算法的原理如下：每个标签的碱基熵搜索子向量k+1:l等sum(entropy[n,5+k+1:l])<=IThresholds[l]其中l=MinimumTagLength。如果存在这样一个子向量，然后在两个方向延伸，直到总熵超过阈值：sum(results[n,5+k1:k2])>IThresholds[k2-k1+1]。

The tag is then shortened: substr(results[n,5],k1,k2), but [ACGT] bases to left of k1 and to the right of k2 are added. The Barcode first bases of the tags will always be included in a separate column if this parameter has been set. If PET=TRUE then the whole procedure is applied independently to each half of the sequence (and two separate sets of tags and scores are returned) and the barcode (if any) is assumed to be in-between the two paired tags.
然后缩短标签：substr(results[n,5],k1,k2)，但ACGT]碱基k1和k2添加的权利留下。 Barcode标签的第一个碱基将始终包含在一个单独的列，如果这个参数已经设置的。如果PET=TRUE然后整个过程是独立适用每个序列的一半（两个标签和分数分别返回）和条码（如有）被认为是在两者之间的配对标签。


值----------Value----------

FilterResults returns an object suitable for SaveResults
FilterResults返回一个对象，合适的SaveResults


作者（S）----------Author(s)----------


Jacques Rougemont, Arnaud Amzallag, Christian Iseli, Laurent Farinelli, Ioannis Xenarios, Felix Naef



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>  readFastq to read fastq files, <code>SeqScore</code> and <code>FilterResults</code> to
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注：
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