R语言 Rolexa包 BatchAnalysis()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

BatchAnalysis(Rolexa)
BatchAnalysis()所属R语言包：Rolexa

                                        Batch Analysis
                                         批量分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate summary plots of the results of a base calling batch
碱基调用批处理的结果生成概要图


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'RolexaRun'
PlotCycles(run=Rolexa.env, int, seq,
cycles=c(1,11,21,31), par=list())
PlotCycles(run,...)
## S4 method for signature 'RolexaRun'
BatchAnalysis(run=Rolexa.env, seq, scores, what=c("length","information","base","ratio","iupac"), main='')
BatchAnalysis(run,...)
QualityBoxPlots(run=Rolexa.env, seq, cycles, par=list(las=2))



参数----------Arguments----------

参数：run
a RolexaRun object defining the run parameters
RolexaRun对象定义的运行参数


参数：int
a SolexaIntensity object
SolexaIntensity对象


参数：seq
a DNAStringSet object
DNAStringSet对象


参数：scores
a matrix of base quality scores (one column per base, one row per sequence)
一个基本的质量得分矩阵（每个碱基的一列，每一个序列一行）


参数：what
select one the plot types
选择一个绘图类型


参数：main
a title for the plot
图的标题


参数：cycles
the cycles to plot
绘制的周期


参数：par
parameters for the plotting functions
绘图函数的参数


参数：...
additional arguments, ignored
额外的参数，忽略


Details

详情----------Details----------

Four types of diagnostic plots can be selected with the what argument of BatchAnalysis:
whatBatchAnalysis参数，可以选择四种类型的诊断图：

lengthshows the histogram of tag lengths,
length显示的标签长度的直方图，

informationthe distribution of information content per sequenced base, namely ((2*length(tag)-total_entropy(tag))/nb_cycles),
information信息内容的每测序基分布，即((2*length(tag)-total_entropy(tag))/nb_cycles)

basethe base composition of the sequences,
base序列的碱基组成，

ratiothe ratio of complementary bases,
ratio互补碱基的比例，

iupacthe proportion of the different classes of ambiguous bases along the sequences.
iupac暧昧碱基沿序列的不同类别的比例。“

QualityBoxPlots makes boxplots of quality scores along the sequences. PlotCycles will execute SeqScore with plot=TRUE.
QualityBoxPlots质量分数沿序列盒状图。 PlotCycles将执行SeqScore与plot=TRUE。


作者（S）----------Author(s)----------


Jacques Rougemont, Arnaud Amzallag, Christian Iseli, Laurent Farinelli, Ioannis Xenarios, Felix Naef



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

SaveResults to save the results produced by
SaveResults保存所产生的结果


举例----------Examples----------


path = SolexaPath(system.file("extdata", package="ShortRead"))
rolenv = SetModel(idsep="_")
int = readIntensities(path,pattern="s_1_0001",withVariability=FALSE)
seq = CombineReads(run=rolenv,path=path,pattern="s_1_0001_seq*")
results = SeqScore(run=rolenv,int=int,seqInit=seq,cycles=1:36)
PlotCycles(run=rolenv,int=int,seq=seq,cycles=1:4)
par(ask=TRUE)
BatchAnalysis(rolenv,sread(seq),matrix(),what="iupac")
BatchAnalysis(rolenv,sread(seq),results$entropy,what="information")
results = FilterResults(run=rolenv,results=results)
BatchAnalysis(rolenv,sread(seq),results,what="length")
seq = readFastq(path)
par(mar=c(4,4,1,1),cex=1.5,lwd=2)
QualityBoxPlots(rolenv,seq,cycles=10:36)

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