varAdjust(RNAither)
varAdjust()所属R语言包:RNAither
Variance adjustment
差异调整
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Divides the intensity values by their median absolute deviation (of the experiment or of the plate)
强度值除以他们的平均绝对偏差(实验或板)
用法----------Usage----------
varAdjust(header, dataset, listOfArgs)
参数----------Arguments----------
参数:header
the header of a dataset file generated with generateDatasetFile
数据集文件头生成的以generateDatasetFile
参数:dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile
R的数据框生成的以generateDatasetFile
参数:listOfArgs
a list containing: - a character string specifying the column whose values will be used for normalization - 1 or 2, 1 meaning a normalization per screen, 2 a normalization per plate - a flag specifying whether controls should be excluded for the computation of the median absolute deviation (1) or not (0).
一个列表,其中包含: - 一个字符串,指定列的值将用于标准化 - 1 1或2,这意味着每屏幕标准化,每盘标准化 - 一个标志,指定是否控制中位数的计算应排除绝对偏差(1)或(0)。
值----------Value----------
Divides the intensity values by their median absolute deviation (of the experiment or of the plate).
除以他们的平均绝对偏差(实验或板)的强度值。
Returns a list containing:
返回一个列表,其中包含:
参数:header
The new header (with an added entry about the normalization procedure in the comments)
新的头(与有关标准化过程中添加条目的意见)
参数:dataset
The new dataset with normalized values. The old values are saved in an extra column of the dataset with the suffix ".old"
新的数据集与标准化值。旧值保存在一个额外的列的数据集后缀“。老”
举例----------Examples----------
data(exampleHeader, package="RNAither")
data(exampleDataset, package="RNAither")
normres <- varAdjust(header, dataset, list(1, "SigIntensity", 1))
newheader <- normres[[1]]
newdataset <- normres[[2]]
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注:
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