R语言 RNAither包 spatialDistribHits()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

spatialDistribHits(RNAither)
spatialDistribHits()所属R语言包：RNAither

                                         Plotting the spatial distribution of the hits
                                         绘制的命中的空间分布

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots the plates showing the spatial distribution of the hits using the  plotPlate function of the  prada package.
图板显示的点击使用 plotPlate prada包的功能的空间分布。


用法----------Usage----------


spatialDistribHits(header, dataset, plotTitle, col4hits, col4anno, showPlot)



参数----------Arguments----------

参数：header
the header of a dataset file generated with generateDatasetFile  
数据集文件头生成的以generateDatasetFile


参数：dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile  
R的数据框生成的以generateDatasetFile


参数：plotTitle
the plot title  
图标题


参数：col4hits
a character vector specifying the name of the dataset column containing the binary hit vector  
字符向量，指定数据集的包含二进制命中向量的列名


参数：col4anno
a character string specifying the name of the dataset column to be used to define the replicate, e.g.  "GeneName" or  "Internal_GeneID"  
一个字符串指定的被用来定义复制数据集列的名称，如 "GeneName"或 "Internal_GeneID"


参数：showPlot
0 or 1. 1 will open one or several plot windows in the R GUI, 0 will only save the plot(s) without opening windows.  
0或1。 1将在一个或几个小区的R GUI窗口打开，0只保存不打开窗户图（S）。


值----------Value----------

For each plate, the plot will be saved as a png file named after the experiment name specified in the header concatenated with the  plotTitle, the number of the experiment, and the number of the plate.
对于每一个板块，该图将作为实验后与的 plotTitle串连头中指定的名称命名的png文件保存，实验号码，车牌号码。

Wells containing positive controls are marked with a "P", wells containing negative controls with an "N".
都标有“P”字，包含一个“N”与阴性对照井井含有阳性对照。

Each plate will also be saved as an html file containing mouse-overs with the siRNA name for each well.
每块板也将被保存为一个HTML文件，为每口井的siRNA名称含有鼠标接管。

The function returns a list containing:
该函数返回一个列表，其中包含：


参数：histoName
the plotname
在plotname


参数：c(minOfScreens, numOfScreens)
a vector with the number of the first experiment and of the last experiment
与第一实验的数量和向量的最后一个实验


参数：c(minOfPlates, numOfPlates)
a vector with the number of the first plate and the number of the last plate
与第一板的数量和向量的最后一个板块的数量


参见----------See Also----------

Ttest
Ttest


举例----------Examples----------


data(exampleHeader, package="RNAither")
data(pValVec1, package="RNAither")
data(scoredDataset1, package="RNAither")

##for details on the generation of pValVec1 and scoredDataset1, see the example of the Ttest function linked above.[＃上一代的pValVec1和scoredDataset1的详细信息，请参阅以上链接的TTEST函数的例子。]

scoredHits1 <- hitselectionPval(scoredDataset1, pValVec1, "SigIntensity", "Hits1", 0.05,
"GeneName", "pvalue_testfile1.txt")

hitDataset1 <- scoredHits1[[1]]

spatialDistribHits(header, hitDataset1, "Spatial distribution of hits", "Hits1", "GeneName", 1)

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