R语言 RNAither包 replicatesSpearmancor()函数中文帮助文档(中英文对照)

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replicatesSpearmancor(RNAither)
replicatesSpearmancor()所属R语言包：RNAither

                                         Compute the correlation coefficient betwenn replicates or experiments
                                         计算相关系数关系的计量复制或实验

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes Spearman's rank correlation coefficient for each replicate - either inside each experiment, or between experiments.
计算Spearman秩相关系数每个重复 - 无论是在每个实验中，或与实验。


用法----------Usage----------


replicatesSpearmancor(header, dataset, flag, col4val, col4anno, fileNameSuffix)



参数----------Arguments----------

参数：header
the header of a dataset file generated with generateDatasetFile  
数据集文件头生成的以generateDatasetFile


参数：dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile  
R的数据框生成的以generateDatasetFile


参数：flag
1 or 2. 1 will compute the coefficient for a maximum of 3 replicates, for each experiment available in the dataset. 2 will summarize the replicates from each experiment with their root mean square and compute the correlation coefficient between experiments.  
1或2。 1计算的系数为3最大复制，为每个数据集的实验中。 2将总结均方根从他们的根与每个实验重复计算实验之间的相关系数。


参数：col4val
a character string specifying the column whose values will be used to compute the correlation coefficient  
一个字符串，指定列的值将被用来计算相关系数


参数：col4anno
a character string specifying the name of the dataset column to be used to define the replicate, e.g.  "GeneName" or  "Internal_GeneID"  
一个字符串指定的被用来定义复制数据集列的名称，如 "GeneName"或 "Internal_GeneID"


参数：fileNameSuffix
a character string that will be used to name the output file containing a table with the correlation coefficients.  
一个字符串，将被用于命名输出文件，其中包含一个表的相关系数。


值----------Value----------

For  flag==1, the correlation coefficients are printed out to the shell and saved in a text file named after the experiment name specified in the header concatenated with the character string filenamesuffix and "Spearmancor.txt".
flag==1，相关系数打印出来的壳，后在与字符串filenamesuffix和“Spearmancor.txt”的串连，头指定的实验名称命名的文本文件中保存。

For  flag==2, the correlation coefficients are printed out to the shell and saved in a text file named after the experiment name specified in the header concatenated with the character string filenamesuffix and "Spearmancor\_AllExp.txt".
为 flag==2，相关系数打印出来的外壳和保存后的头在字符串filenamesuffix和“Spearmancor \ _AllExp.txt”的串连指定的实验名称命名的文本文件中。

The function returns a table containing the correlation coefficients.
该函数返回一个表，其中包含的相关系数。


举例----------Examples----------


data(exampleHeader, package="RNAither")
data(exampleDataset, package="RNAither")

replicatesSpearmancor(header, dataset, 1, "SigIntensity", "GeneName", "testfile1_")

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