RankProduct(RNAither)
RankProduct()所属R语言包:RNAither
Perform a Rank Product test
执行秩产品测试
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Performs the non-parametric rank product test on the intensity data.
执行强度数据的非参数秩产品测试。
用法----------Usage----------
RankProduct(dataset, listofargs)
参数----------Arguments----------
参数:dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile
R的数据框生成的以generateDatasetFile
参数:listofargs
a list containing: - the number of permutations to perform to compute the p-values (usually 100) - 1 or 2, depending if the search is for a significant decrease or increase - a character string specifying the column whose values will be used for the test - a character string specifying the name of the dataset column to be used to define the replicate, for example "GeneName" or "Internal_GeneID" </table>
一个列表,其中包含: - 排列数进行计算的P-值(通常为100) - 1或2,取决于如果搜索是一个显着减少或增加 - 一个字符串,指定列的值将被用于测试 - 一个字符串,指定被用来定义复制数据集的列的名称,例如 "GeneName"或 "Internal_GeneID"</ TABLE>
值----------Value----------
Returns a list containing
返回一个列表,其中包含
参数:pValVec
a named vector of p-values
命名为向量的p-值
参数:dataset
the dataset with an added column "p.value.rankproduct"
增值列 "p.value.rankproduct"集
参数:paste("pValue.rankproduct", testType, sep="_")
the character string "p.value.rankproduct"
字符串"p.value.rankproduct"
参数:"Rank product test"
the character string "Rank product test"
字符串“等级产品测试”
The p values returned are equivalent to the percentage of false prediction (pfp), which in theory is the equivalent of false discovery rate (FDR). It is possible that they are larger than 1.
返回的P值相当于虚假预测的百分比(PFP),这在理论上是错误发现率(FDR)的等效。这是可能的,他们均大于1。
参见----------See Also----------
Ttest, MannWhitney
Ttest,MannWhitney
举例----------Examples----------
data(exampleHeader, package="RNAither")
data(exampleDataset, package="RNAither")
pvals1 <- RankProduct(dataset, list(100, 1, "SigIntensity", "GeneName"))
pValVec1 <- pvals1[[1]]
scoredDataset1 <- pvals1[[2]]
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
|