R语言 RNAither包 LiWongRank()函数中文帮助文档(中英文对照)

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LiWongRank(RNAither)
LiWongRank()所属R语言包：RNAither

                                         Li Wong rank / invariant probeset normalization
                                         李皇排名/不变probeset标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Performs a Li Wong rank / invariant probeset normalization (see References).
执行了李皇排名/不变probeset标准化（见参考资料）。


用法----------Usage----------


LiWongRank(header, dataset, listOfArgs)



参数----------Arguments----------

参数：header
the header of a dataset file generated with generateDatasetFile  
数据集文件头生成的以generateDatasetFile


参数：dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile  
R的数据框生成的以generateDatasetFile


参数：listOfArgs
a list containing:  - a character string specifying the column whose values will be used for normalization  - a character string specifying the name of the dataset column to be used for the computation of the siRNA/gene ranks   
一个列表，其中包含： - 一个字符串，指定列的值将被用于标准化 - 一个字符串，指定要用于计算的siRNA /基因行列的数据集的列名


Details

详情----------Details----------

For each plate type/layout in each experiment, generates a ranked list of siRNAs according to their intensity values. Only siRNAs occuring only once on the plate are allowed in the list. The normalization is performed only if all plate types have a maximum of 20
为每个板型/布局在每次实验中，产生的siRNAs的排名名单，根据其强度值。唯一的siRNAs，易出现盘上只有一次被允许在列表中。只有当所有板块类型最多有20标准化

For each "unique" siRNA on a plate type, the variance of its ranks across plates is computed. A histogram of variances is plotted and allows the user to choose a threshold. A list of siRNAs with rank variances under the given threshold is then returned for each plate type so that the user can choose an siRNA to normalize the plate with.
为每一个“独特的”一盘类型的siRNA，其职级板之间的方差计算。绘制直方图的差异，并允许用户选择一个阈值。根据给定的阈值的排名差异的siRNAs的名单，然后返回为每个板型，使用户可以选择一个siRNA标准化板。


值----------Value----------

Returns a list containing:
返回一个列表，其中包含：


参数：header
the new header (with an added entry about the normalization procedure in the comments)
新的头（与有关标准化过程中添加条目的意见）


参数：dataset
the new dataset with normalized values. The old values are saved in an extra column with the suffix ".old"
新的数据集与标准化值。旧值保存在一个额外的后缀列的“老”


参考文献----------References----------


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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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