hitselectionZscorePval(RNAither)
hitselectionZscorePval()所属R语言包：RNAither
Selecting hits according to ZScores and p-values
根据到ZScores和p值选择点击
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Selects significant genes according to their ZScore (summarized with the gene median) and p-values.
选择显著的基因，根据他们的ZScore（总结与基因中位数）和p值。
用法----------Usage----------
hitselectionZscorePval(dataset, pValVec, col4zscore, col4sel, thresh, thresh2,
flag2, col4anno, sumFunc, file4hits)
参数----------Arguments----------
参数：dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile
R的数据框生成的以generateDatasetFile
参数：pValVec
a vector of p-values, as generated by one of the test functions Ttest, MannWhitney or RankProduct
向量的p值，生成的测试功能之一Ttest，MannWhitney或RankProduct
参数：col4zscore
a character vector specifying the name of the column containing the ZScores, usually "SigIntensity"
字符指定名称的包含的ZScores列的向量，通常是"SigIntensity"
参数：col4sel
a character vector specifying the name of the new dataset column where hits will be stored
指定一个字符向量命中将存储新的数据集列的名称
参数：thresh
the threshold for the ZScores. The interpretation depends on the choice of the parameter flag2.
阈值为ZScores。的解释取决于参数 flag2的选择。
参数：thresh2
the threshold for the p-values
p值的阈值
参数：flag2
2 or -2. If 2 is chosen, all Zscores greater than or equal to thresh are chosen. If -2 is chosen, all Zscores smaller than or equal to thresh are chosen.
2或-2。如果选择2，所有Zscores大于或等于 thresh选择。如果选择-2，所有Zscores小于或等于 thresh选择。
参数：col4anno
a character string specifying the name of the dataset column to be used to define the replicate, for example "GeneName" or "Internal_GeneID".
一个字符串，指定被用来定义复制数据集的列的名称，例如 "GeneName"或 "Internal_GeneID"。
参数：sumFunc
the function used to summarize ZScore values, e.g. mean or median.
用于总结ZScore值，如功能 mean或 median。
参数：file4hits
the name of the file to store the results in
存储结果的文件名
Details
详情----------Details----------
If there are no p-values under the defined threshold thresh2, it is increased to min(pvalvec).
如果有没有下定义的阈值 thresh2 p值，增加 min(pvalvec)。
If flag2 == -2 and there are no ZScores under the defined threshold thresh, it is increased to min(ZScores).
如果 flag2== -2和下定义的阈值 thresh有没有ZScores，它提高到 min(ZScores)。
If flag2 == 2 and there are no ZScores over the defined threshold thresh, it is increased to max(ZScores).
如果 flag2== 2，有没有超过定义的阈值 thresh ZScores，它提高到 max(ZScores)。
If there are not hits for the combined threshold of p-values and ZScores, the ZScore threshold is changed until there is a hit.
如果没有命中联合p值和ZScores阈值，ZScore阈值改变，直到有一击。
值----------Value----------
A list containing:
一份列表，列出：
参数：dataset
the dataset with an added column defining the hits in the form of a binary vector
在一个二进制向量形式定义的点击添加的列的数据集
参数：hitVector
the binary vector itself
二进制向量本身
参数：thresh
the threshold for the ZScores
为的ZScores阈值
参数：thresh2
he threshold for the p-values
他阈值p值
ZScores and p-values are stored in a text output file.
ZScores和p值都存储在一个文本输出文件。
参见----------See Also----------
hitselectionPval, hitselectionZscore, Ttest
hitselectionPval，hitselectionZscore，Ttest
举例----------Examples----------
data(scoredDataset1, package="RNAither")
data(pValVec1, package="RNAither")
##for details on the generation of pValVec1 and scoredDataset1, see the example of the Ttest function linked above.[＃上一代的pValVec1和scoredDataset1的详细信息，请参阅以上链接的TTEST函数的例子。]
scoredHits1 <- hitselectionZscorePval(scoredDataset1, pValVec1, "SigIntensity",
"Zscore_pval_hits", -1.5, 0.05, -2, "GeneName", median, "Zscores_pvals_testfile1.txt")
newdataset <- scoredHits1[[1]]
hitvector <- scoredHits1[[2]]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 13:11:44
