R语言 RNAither包 hitselectionPval()函数中文帮助文档(中英文对照)

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hitselectionPval(RNAither)
hitselectionPval()所属R语言包：RNAither

                                         Selecting hits according to p-values
                                         根据p值选择点击

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Selects significant genes according to their p-value.
选择显著的基因，根据他们的p值。


用法----------Usage----------


hitselectionPval(dataset, pValVec, col4val, col4sel, thresh, col4anno, file4hits)



参数----------Arguments----------

参数：dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile  
R的数据框生成的以generateDatasetFile


参数：pValVec
a vector of p-values, as generated by one of the test functions Ttest, MannWhitney or RankProduct  
向量的p值，生成的测试功能之一Ttest，MannWhitney或RankProduct


参数：col4val
a character vector specifying a column of intensity values  
指定一个字符向量强度值列


参数：col4sel
a character vector specifying the name of the new dataset column where hits will be stored  
指定一个字符向量命中将存储新的数据集列的名称


参数：thresh
the threshold for the p-values, typically 0.05  
p值，通常为0.05的阈值


参数：col4anno
a character string specifying the name of the dataset column to be used to define the replicate, e.g. "GeneName" or "Internal_GeneID"  
一个字符串指定的被用来定义复制数据集列的名称，如"GeneName"或"Internal_GeneID"


参数：file4hits
the name of the file to store the results in  
存储结果的文件名


Details

详情----------Details----------

If there are no p-values under the defined threshold thresh, the threshold is increased to min(pvalvec).
如果有没有下定义的阈值thresh p值，阈值提高到min(pvalvec)。


值----------Value----------

A list containing:
一份列表，列出：


参数：dataset
the dataset with an added column defining the hits in the form of a binary vector
在一个二进制向量形式定义的点击添加的列的数据集


参数：hitVector
the binary vector itself
二进制向量本身


参数：replicaMatrix
a matrix of replicates with corresponding values (as generated by generateReplicateMat)
一个矩阵的复制与相应的值（如生成generateReplicateMat）


参数：thresh
the threshold for the p-values
p值的阈值

P-values and the intensity values for each siRNA are stored in a text output file.
P值和每个siRNA的强度值都存储在一个文本输出文件。


参见----------See Also----------

hitselectionZscore, hitselectionZscorePval, Ttest
hitselectionZscore，hitselectionZscorePval，Ttest


举例----------Examples----------


data(scoredDataset1, package="RNAither")
data(pValVec1, package="RNAither")

##for details on the generation of pValVec1 and scoredDataset1, see the example of the Ttest function linked above.[＃上一代的pValVec1和scoredDataset1的详细信息，请参阅以上链接的TTEST函数的例子。]

scoredHits1 <- hitselectionPval(scoredDataset1, pValVec1, "SigIntensity", "Pval_hits", 0.05,
"GeneName", "pvalue_testfile1.txt")

newdataset <- scoredHits1[[1]]
hitvector <- scoredHits1[[2]]

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