R语言 RNAither包 generateRepMatNoFilter()函数中文帮助文档(中英文对照)

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generateRepMatNoFilter(RNAither)
generateRepMatNoFilter()所属R语言包：RNAither

                                         Generate a matrix of replicates (II)
                                         生成矩阵的复制（二）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates a matrix out of a dataset, each row corresponding to an siRNA/gene ID, each column to a channel value or its index in the dataset.
生成矩阵的数据集，每一行对应一个基因的siRNA / ID，每个通道值或其在数据集的索引列。


用法----------Usage----------


generateRepMatNoFilter(data, minNbReps, IndexOrInt, col4val, col4anno)



参数----------Arguments----------

参数：data
an R data frame generated with generateDatasetFile  
R的数据框生成的以generateDatasetFile


参数：minNbReps
set to 2 if you want to exclude replicates occurring only once in the dataset, otherwise 1.  
如果你想排除复制只发生一次的数据集，否则1，设置为2。


参数：IndexOrInt
a character string - either  "Index" or  "Intensities" - specifying which values are to be contained in the output matrix.  
字符串 - 要么 "Index"或 "Intensities" - 指定值输出矩阵中。


参数：col4val
a character string specifying the name of the dataset column to be used for the values of the output matrix (if  IndexOrIntensities is set to  "Intensities"), for example  "SigIntensity" or  "NbCells"  
字符串指定为输出矩阵的值（如果 IndexOrIntensities设置为 "Intensities"）数据集的列的名称，例如， "SigIntensity"或 "NbCells"


参数：col4anno
a character string specifying the name of the dataset column to be used for the output matrix' rows, for example  "GeneName" or  "Internal_GeneID".  
一个字符串指定数据集的列的名称将用于输出矩阵的行，例如 "GeneName"或 "Internal_GeneID"。


Details

详情----------Details----------

The function will not omit values or indexes of lines/wells with spot type -1. If you want to omit those, use  generateReplicatematrix.
函数不会遗漏值或指标线/点型-1井。如果你想省略那些使用 generateReplicatematrix。


值----------Value----------

A matrix with each row corresponding to an siRNA/gene ID (as reflected in rownames), each column to a channel value or its index in the dataset. Missing values (in case of different number of replicates occuring for different siRNAs/genes) are set to NA.
一个矩阵的每一行对应一个siRNA /基因ID（在rownames的反映），每个通道值或其在数据集的索引列。遗漏值（不同数量，不同的siRNAs /基因易出现重复的情况下）设置为NA。


参见----------See Also----------

generateReplicateMat
generateReplicateMat


举例----------Examples----------


data(exampleDataset, package="RNAither")

replicatematrix <- generateRepMatNoFilter(dataset, 2, "Index", "SigIntensity", "GeneName")

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