R语言 RNAither包 generateDatasetFile()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

generateDatasetFile(RNAither)
generateDatasetFile()所属R语言包：RNAither

                                         Generate Dataset File
                                         生成数据集文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates a text file containing all experimental data. Needed for all subsequent analysis functions.
生成一个文本文件，包含了所有的实验数据。所需的所有后续的分析功能。


用法----------Usage----------


generateDatasetFile(externalExperimentName, typeOfData, comments, outputFile,
plateLayoutInternal, plateLayoutNCBI, nbRowsPerPlate, nbColsPerPlate, screenNb_pre,
emptyWells, poorWells, controlCoordsOutput, backgroundValOutput, meanSignalOutput,
SDmeanSignal, objNumOutput, cellNumOutput)



参数----------Arguments----------

参数：externalExperimentName
A character string specifying the experiment name, e.g. "Johns Experiment Nb. 1"  
一个字符串，指定实验名称，例如： “约翰实验铌。 1“


参数：typeOfData
  A character string specifying the type of data, e.g. "364 well plate data for virus screens"  
一个字符串，指定类型的数据，例如“364孔板病毒屏幕数据”


参数：comments
A character string specifying comments. NA if not available.  
一个字符串指定的意见。 NA如果没有可用。


参数：outputFile
A character string specifying the name of the text file containing the dataset.  
一个字符串指定的文本文件包含的数据集的名称。


参数：plateLayoutInternal
A matrix of internal siRNA IDs specifying their position on the plate (row-wise). Each column of the matrix stands for one plate.  
一个内部的siRNA盘上指定他们的位置的ID矩阵（逐行）。矩阵的每一列代表一个板块。


参数：plateLayoutNCBI
A matrix of gene names specifying their position on the plate (row-wise). Each column of the matrix stands for one plate.  
矩阵（逐行）的基因，指定他们的立场上板名。矩阵的每一列代表一个板块。


参数：nbRowsPerPlate
The number of rows per plate  
每盘的行数


参数：nbColsPerPlate
The number of columns per plate  
每盘的列数


参数：screenNb_pre
The screen/experiment number  
屏幕/实验数


参数：emptyWells
A list containing, for each plate, an integer vector of the positions of empty wells. NA if there are no empty wells on the plate.  
列表，每块板，整数向量空井的位置。那幺如果有盘上没有空井。


参数：poorWells
A list containing, for each plate, an integer vector of the positions of wells that, for a certain reason, should not be taken into account during the analysis. NA if there are no such wells on the plate.  
列表，每块板，整数向量的水井，由于某种原因，不应该被考虑在分析过程中采取的立场。那幺有没有这样的盘子上井。


参数：controlCoordsOutput
A list containing, for each plate, a list of integer vectors specifying the positions of positive (first element in sublist) and negative (second element in sublist) controls. NA if there are no positive/negative controls on the plate.  
包含一个列表，为每个板块，积极的指定位置的整数向量列表（子表的第一个元素）和阴性（子表的第二个元素）控制。那幺如果有板无阳性/阴性对照。


参数：backgroundValOutput
A list containing, for each plate, a vector of background values per well  
列表，每块板，每口井的背景值的向量


参数：meanSignalOutput
A list containing, for each plate, a vector of intensity values for each well  
包含一个列表，每块板，每口井的强度值向量


参数：SDmeanSignal
A list containing, for each plate, a vector of standard deviations of intensity values for each well  
包含一个列表，每块板，每口井的强度值的标准偏差向量


参数：objNumOutput
A list containing, for each plate, a vector of the number of identified objects for each well  
包含一个列表，每块板，每口井的数量确定的对象的矢量


参数：cellNumOutput
A list containing, for each plate, a vector of intensity values for each well, e.g. a vector of the number of identified cells for each well.  
包含一个列表，每块板，每口井的强度值的向量，例如：确定每口井的单元数目的向量。


Details

详情----------Details----------

Positions on plates are specified with one integer only. For example, the position of the well in row 2 and column 5 is  (RowNo-1)*(Number of columns on plate)+ColNo.
平板上的立场是只指定一个整数。例如，位置，以及在第2行和第5列是 (RowNo-1)*(Number of columns on plate)+ColNo。


值----------Value----------

The function generates a text file consisting of a header and a 'dataset'. The header contains the experiment description (ExternalExperimentName, TypeOfData and Comments). The dataset is an R data frame, each row corresponding to one well, with the following columns:
函数生成一个文本文件，包括一个头和一个“集”。头包含了实验描述（ExternalExperimentName，TypeOfData和Comments）。该数据集是一个R的数据框，每一行对应一个孔与后列：


参数：Spotnumber
The position of the well on the plate
板的位置，以及


参数：Internal_GeneID
The ID of the siRNA
siRNA的ID


参数：GeneName
The gene name
基因名称


参数：SpotType
Can be -1, 0, 1 or 2.  Type -1 wells (e.g. emtpy wells, wells with poor quality) are not considered in subsequent analyses but are kept in the data set for the sake of completeness.   Type 0 wells correspond to negative controls, type 1 wells to positive controls.   Type 2 wells correspond to the standard data wells.
可以是-1，0，1或2。类型-1井（如emtpy井，井质量差）不认为在随后的分析，但在保持数据的完整性而设置的。 0型油井对应阴性对照，1型井阳性对照。 2型井对应的标准数据水井。


参数：SigIntensity
The signal intensity (channel 1)
信号强度（通道1）


参数：SDSIntensity
The standard deviation of the signal intensity, if available
信号强度，如果可用的标准偏差


参数：Background
The background per well, if available
每很好，如果提供的背景


参数：LabtekNb
The plate number
车牌号码


参数：RowNb
The row number
行号


参数：ColNb
The column number
列数


参数：ScreenNb
The screen number
屏幕编号


参数：NbCells
E.g. the number of cells identified in the well (channel 2)
例如以及确定单元的数量（通道2）


参数：PercCells
The ratio (number of identified cells)/(number of identified objects)
比例（确定单元数）/（确定对象的数量）


参见----------See Also----------

joinDatasetFiles, joinDatasets
joinDatasetFiles，joinDatasets


举例----------Examples----------



##gene names[＃基因名称]
plateLayout1 <- c("test1", "empty", "test3", "test4", "test5",
"test6", "test7", "empty", "test9", "test10", "test11", "test12")

plateLayout2 <- c("test1", "test2", "test3", "test4", "test5",
"test6", "test7", "test8", "test9", "test10", "test11", "test12")

plateLayout <- cbind(plateLayout1, plateLayout2)

emptyWells <- list(c(2, 8), NA_integer_)
##the first plate has two empty wells at position 2 and 8,[＃第一板有两个空位置2井和8，]
##the second plate does not have any empty wells[＃第二盘没有任何空井]

poorWells <- NA_integer_
##no wells of poor quality[＃井质量差]

controlCoordsOutput <- list(list(NA_integer_, NA_integer_), list(NA_integer_, c(9,10)))
##the first plate does not have any control siRNAs,[＃第一盘没有任何控制的siRNA，]
##the second plate has two negative controls at position 9 and 10[＃第二板有两个位置阴性对照9日和10日]

backgroundValOutput<-NA_integer_
##no background signal intensities available[＃没有背景信号强度]

sigPlate1<-c(2578, NA_integer_, 3784, 3784, 2578, 5555, 5555, NA_integer_, 8154, 2578, 3784, 2578)
sigPlate2<-c(8154, 3784, 5555, 3784, 11969, 2578, 1196, 5555, 17568, 2578, 5555, 2578)
##the signal intensities on the plates[＃板的信号强度]

meanSignalOutput<-list(sigPlate1, sigPlate2)

SDmeansignal<-NA_integer_
##no standard deviation available[＃标准偏差]

objnumOutput<-NA_integer_
##no cell count available[＃单元计数]

cellnumOutput<-NA_integer_

generateDatasetFile("First test screen", "RNAi in virus-infected cells",
NA_character_, "testscreen_output.txt", plateLayout, plateLayout, 3, 4,
1, emptyWells, poorWells, controlCoordsOutput, backgroundValOutput,
meanSignalOutput, SDmeansignal, objnumOutput, cellnumOutput)

##load the dataset into R:[＃加载到R的数据集：]
header<-readLines("testscreen_output.txt",3)
dataset<-read.table("testscreen_output.txt", skip=3, colClasses=c(NA, NA, NA, NA,
"factor", NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), stringsAsFactors=FALSE)

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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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