R语言 RNAither包 channelPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

channelPlot(RNAither)
channelPlot()所属R语言包：RNAither

                                         Plot signal channels against each other
                                         针对对方的图信号通道

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates plots allowing pairwise comparison of signal channels. Fits a lowess regression curve into the plots.
产生允许信号通道的两两比较的图。适合的图的LOWESS回归曲线。


用法----------Usage----------


channelPlot(header, dataset, vecOfChannels, flag, plotTitle, showPlot, smSpan=2/3)



参数----------Arguments----------

参数：header
the header of a dataset file generated with generateDatasetFile  
数据集文件头生成的以generateDatasetFile


参数：dataset
an R data frame generated with generateDatasetFile  
R的数据框生成的以generateDatasetFile


参数：vecOfChannels
A vector containing the names of the signal channels to be compared, e.g. "SigIntensity"  
A向量，其中包含的信号通道的名称进行比较，例如： “SigIntensity”


参数：flag
0, 1, or 2. 0 uses the data from the complete dataset, 1 makes comparisons for each experiment, 2 makes comparisons for each plate.  
0，1或2。 0使用从完整的数据集的数据，使每个实验进行比较，2使每个板块的比较。


参数：plotTitle
The plot title  
图标题


参数：showPlot
0 or 1. 1 will open one or several plot windows in the R GUI, 0 will only save the plot(s) without opening windows.  
0或1。 1将在一个或几个小区的R GUI窗口打开，0只保存不打开窗户图（S）。


参数：smSpan
The smoother span of the lowess curve. This gives the proportion of points in the plot which influence the smooth at each value. Larger values give more smoothness. Optional, defaults to 2/3
平滑的LOWESS曲线的跨度。这给积点在每个值的影响顺利的比例。值越大，给更多的平滑。可选，默认为2/3


值----------Value----------

Saves the plots in pdf and png files named after the experiment name specified in the header concatenated with the plotTitle, the number of the comparison, and if applicable the experiment number and/or the plate number.
保存的PDF和PNG文件与的plotTitle串连头中指定的实验名称命名的图，数量比较，如果适用的实验数量和/或车牌号码。

When flag == 0, returns the plot name (plotName).
当flag== 0，返回小区名称（plotName）。

When flag == 1, returns a list containing:
当flag== 1，返回一个列表，其中包含：


参数：plotName
The plot name  
图名称


参数：minOfScreens
The number of the first experiment  
第一实验数


参数：numOfScreens
The number of the last experiment  
最后的实验数

When flag == 2, returns a list containing: the plot name, a vector with the number of the first experiment and of the last experiment, and a vector with the number of the first plate and the number of the last plate.
当flag== 2，返回一个列表，其中包含：小区名称，向量的第一个实验中，最后的实验，并与第一盘数量的向量和数量的最后板。


举例----------Examples----------


data(exampleHeader, package="RNAither")
data(exampleDataset, package="RNAither")
plotname <- channelPlot(header, dataset, c("SigIntensity", "NbCells"), 0, "Channel comparison", 1)

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