R语言 RNAinteract包 RNAinteract-package()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

RNAinteract-package(RNAinteract)
RNAinteract-package()所属R语言包：RNAinteract

                                        Analysis of Pairwise Interaction Screens.
                                         分析成对互动屏幕。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The package contains functions to organize the data from (single- and multi-parametric) genetic interaction screens. Methods to estimate main effects (single perturbation effects) and pairwise interactions. p-values are computed. Furthermore a comprehensive html-report is generated.
该软件包包含组织（单和多参数）的遗传相互作用屏幕数据的功能。估计主要影响（单扰动作用）和成对相互作用的方法。 p值计算。此外，一个全面的HTML报告生成。


Details

详情----------Details----------

See vignette("RNAinteract") for details.
有关详细信息，请参见小插曲（“RNAinteract”）。


包装内容----------Package content----------

Class RNAinteract (Documentation: RNAinteract-class)
类RNAinteract（文件：RNAinteract-class）

Data input and creating of an object of class RNAinteract.
数据输入并创建一个对象类RNAinteract。

createCellHTSFromFiles
createCellHTSFromFiles

createRNAinteract, createRNAinteractFromFiles
createRNAinteract，createRNAinteractFromFiles

Data access
数据访问

getData Primary data access function for multiple types of screen data.
getData主屏幕数据的多种类型的数据访问功能。

getMain, getMainNeg access to main effects.
getMain，getMainNeg进入主效应。

getReplicateData, getIndDesignData Comparing replicate data.
getReplicateData，getIndDesignData比较复制的数据。

getChannelNames, getScreenNames, getScale
getChannelNames，getScreenNames，getScale

Subsetting, summarizing, and binding screens
子集，总结，并结合屏幕

sgisubset, sgisubsetQueryDesign
sgisubset，sgisubsetQueryDesign

bindscreens
bindscreens

summarizeScreens
summarizeScreens

Main effects and pairwise interactions
主效应和成对的相互作用

estimateMainEffect
estimateMainEffect

normalizeMainEffectQuery, normalizeMainEffectTemplate, normalizePlateEffect
normalizeMainEffectQuery，normalizeMainEffectTemplate，normalizePlateEffect

computePI, computePValues
computePI，computePValues

embedPCA
embedPCA

Plotting
绘图

plotDoublePerturbation, plotHeatmap standard plot functions
plotDoublePerturbation，plotHeatmap标准积函数

doublePerturbationGrob, grid.doublePerturbation, grid.sgiHeatmap specialized grid plotting functions for experts
doublePerturbationGrob，grid.doublePerturbation，grid.sgiHeatmap专门电网绘图功能专家

HTML report
HTML报告

startReport, endReport starting and finalizing a report
startReport，endReport启动和完成的一份报告

reportAnnotation, reportStatistics global reports
reportAnnotation，reportStatistics全球报告

reportDoublePerturbation, reportGeneLists, reportHeatmap, reportMainEffects, reportNetworks, reportScreenData reports specific for each screen and each channel
reportDoublePerturbation，reportGeneLists，reportHeatmap，reportMainEffects，reportNetworks，reportScreenData报告对每个画面，每个通道的具体


作者（S）----------Author(s)----------



Bernd Fischer

Maintainer: Bernd Fischer <bernd.fischer@embl.de>




参考文献----------References----------

Genetic Interaction Analysis by RNAi. Nature Methods, 2011.
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。