R语言 RNAinteract包 plotDoublePerturbation()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotDoublePerturbation(RNAinteract)
plotDoublePerturbation()所属R语言包：RNAinteract

                                         Double Perturbation Plot
                                         双扰动图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These function draws a double perturbation plot for interaction screens. All interactions of one gene are displayed in one panel. The double perturbation readout level is plotted against the single perturbation level.
这些函数绘制一个互动屏幕的双扰动图。一个基因的所有交互显示在一个小组。双扰动读数水平绘制对单一扰动水平。


用法----------Usage----------


plotDoublePerturbation( sgi, screen, channel, target,
                       withoutgroups = c("neg", "pos"), design,
                       main, xlab, ylab, range,
                       show.labels = "none", label.par, label,
                       avoid.overlap, col, fill,
                       D , MT, MQ, PV, QV, PI, ...)



参数----------Arguments----------

参数：sgi
An object of class RNAinteract.  
对象类RNAinteract。


参数：target
A character name of the target gene.  
靶基因的一个字符的名称。


参数：screen
The character name of the screen to display. If not specified, the first screen is used. Does not have to be specified, if sgi contains only one screen.  
显示屏幕字符的名称。如果没有指定，第一个屏幕上使用。没有被指定，如果sgi只包含一个屏幕。


参数：channel
The character name of the channel to display. If not specified, the first channel is used. Does not have to be specified, if sgi contains only one channel.  
通道显示的字符的名称。如果没有指定，第一个通道。没有被指定，如果sgi只包含一个通道。


参数：withoutgroups
Interactions to genes from these groups (as specified in the reagent or target annotation) are excluded from the plot, e.g. positive and negative controls.  
从这些群体相互作用的基因（试剂或目标注解指定）被排除的图，例如：阳性和阴性对照。


参数：design
The Either "template" (default) or "query". The single perturbation effects are either the template main effects or the query main effects.  
无论是"template"（默认）或"query"。单一的扰动效果是模板的主要影响或查询的主要作用。


参数：main
An overall title of the plot.
一个总冠军的图。


参数：xlab
A title of the x-axis.
x轴的标题。


参数：ylab
A title of the y-axis.
y轴的标题。


参数：range
A numeric vector of length two. range equals the xlim, ylim argument in plot.
一个长度为2的数字向量。范围等于xlim，ylim图参数。


参数：show.labels
Automatically select text labels for the points. 'all' shows a text label for all genes, "q.value" and "p.value" show a text label for all genes with a q.value (p.value) larger than label.par, "none" does not show any text label. This argument has no effect, if label is specified.
自动选择点的文本标签。 'all'显示了所有基因的文本标签，"q.value"和"p.value"显示为文本标签所有基因1 q.value（p.value）比label.par， "none"不显示任何文本标签。这种说法有没有效果，如果label指定。


参数：label.par
Cut-off value for q.value or p.value for displaying text labels (See show.labels).  
截止值显示文本标签（参见show.labels）为q.value或p.value。


参数：label
Either a character vector with gene names, or a named vector of text labels. The names of the vector represent the gene names.  
无论是基因名称，或命名为向量的文字标签的特征向量。向量的名字代表的基因名称。


参数：avoid.overlap
If TRUE (default), text is moved such that text labels are not overlapping.
如果TRUE（默认），文本等文本标签不重叠移动。


参数：col
A named vector with colors. The names of col define which points are colored (See also fill).  
与颜色命名的向量。 col定义颜色的点（又见fill）的名称。


参数：fill
A list up to four values. colors defines a set of colors from which a colorramp is created. If colramp is specified, colors has no effect. colramp directly specifies the colorramp. values define the values that are color coded. If values is not specified, the pairwise interaction term is used instead. at is a numeric vector defining the breakpoints along the values. If not specified, breakpoints are selected to range three times the standard deviation of the values around zero. fill has no effect, if col is specified.  
长达四个值的列表。 colors定义的，从中colorramp创建颜色的集合。如果colramp指定，颜色有没有效果。 colramp直接指定colorramp。 values定义通过不同的颜色编码的值。 values如果不指定，成对的相互作用来代替。 at是一个数值向量沿的值定义的断点。如果没有指定，断点选择范围零值的标准偏差的三倍左右。 fill有没有效果，如果col指定。


参数：D,MT,MQ,PV,QV,PI
Internal usage.
内部使用。


参数：...
Further argument passed to grid.doublePerturbation or doublePerturbationGrob.
进一步传入grid.doublePerturbation或doublePerturbationGrob。


Details

详情----------Details----------

Plots a double perturbation plot. It shows the interaction profile for one (query) gene.
绘制双扰动图。它显示个人资料（查询）基因的相互作用。


值----------Value----------

A grob is returned.
返回一个GROB。


作者（S）----------Author(s)----------



Bernd Fischer




参见----------See Also----------

RNAinteract-package, grid.doublePerturbation, reportDoublePerturbation
RNAinteract-package，grid.doublePerturbation，reportDoublePerturbation


举例----------Examples----------


data("sgi")
plotDoublePerturbation( sgi, screen="1", channel="nrCells", target="rl", show.labels="p.value")

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