R语言 RNAinteract包 embedPCA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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embedPCA(RNAinteract)
embedPCA()所属R语言包：RNAinteract

                                         Computes a PCA for a pairwise interaction matrix.
                                         成对相互作用矩阵计算的PCA。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A principal component analysis is performed for a pairwise interaction matrix. The low-dimensional embedding is returned.
成对相互作用矩阵进行主成分分析。返回的低维嵌入。


用法----------Usage----------


embedPCA(sgi, screen, channel,
         dim = 4, embed = "template",
         withoutgroups = c())



参数----------Arguments----------

参数：sgi
An object of class RNAinteract
一个对象的类RNAinteract


参数：screen
The screen name whose interaction matrix will be embedded.
将嵌入的相互作用矩阵屏幕名称。


参数：channel
The channel name whose interaction matrix will be embedded.
将嵌入的相互作用矩阵的通道名称。


参数：dim
The embedding dimension.
嵌入维数。


参数：embed
Either "template" (default) or "query" denotes if the embedding is done for rows or columns.  
无论是“模板”（默认）或“查询”，表示如果行或列进行嵌入。


参数：withoutgroups
Genes annotated with these groupnames are not considered for embedding.
不考虑嵌入基因注明这些groupnames的。


值----------Value----------

Returns a matrix with dimensions genes x dim.
返回x昏暗尺寸的基因基质。


作者（S）----------Author(s)----------



Bernd Fischer




参见----------See Also----------

RNAinteract-package
RNAinteract-package


举例----------Examples----------


data("sgi")
X <- embedPCA(sgi, screen="1", channel="nrCells", dim=2)
plot(X[,1], X[,2], pch=20, cex=0.01)
text(X[,1], X[,2], row.names(X))

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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