R语言 RNAinteract包 computePValues()函数中文帮助文档(中英文对照)

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computePValues(RNAinteract)
computePValues()所属R语言包：RNAinteract

                                         compute p-values
                                         计算p-值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compute p-values for genetic interactions terms. Assess if genetic interaction term is different from zero.
遗传相互作用方面的计算p值。评估遗传相互作用项，如果从零是不同的。


用法----------Usage----------


computePValues(sgi,
               method = "pooled.ttest",
               mixTemplateQuery = TRUE,
               p.adjust.function = function(x) { p.adjust(x, method = "BH")},
               verbose = 0)



参数----------Arguments----------

参数：sgi
An object of class RNAinteract.  
对象类RNAinteract。


参数：method
The method used to compute p-values. One of "pooled.ttest","ttest", "limma", "HotellingT2".  For "ttest" a Student t-test is applied for each gene pair. The variance is estimated locally for each gene pair.  For "pooled.ttest", a pooled variance is estimated from all gene pairs. The variance applied for each gene pair is the maximum of the pooled and the local variance estimate. This method obtains conservative p-values. For "limma" mediates between the local and the global variance estimation in a Bayesian framework. The limma-package is applied to compute the p-values. For "HotellingT2" Hotelling-T^2 statistics is computed jointly for all dimensions. It results in a single p-value summarizing all channels. For simplification the p-values are stored in a matrix of dimension genes x genes x screens x channels and the p-values are repeated for each channel. The same holds for q-values.  
所采用的方法来计算p值。一个“pooled.ttest”，“TTEST”，“limma”，“HotellingT2”。为“TTEST”学生t检验适用于每个基因对。每个基因对本地的方差估计。池方差为“pooled.ttest”，预计从所有基因对。每个基因对应用的差异是最大的汇集和局部方差的估计。这种方法获得保守的p值。对于“limma”调解之间的本地和全球方差估计在贝叶斯框架。应用，limma包来计算p值。对于的“HotellingT2”霍特林 -  T ^ 2统计计算共同所有尺寸。它会导致在一个单一p值总结所有通道。为简化P-值在一个维度基因矩阵存储X基因X屏幕x通道和p值是每个通道重复。这同样适用于Q值。


参数：mixTemplateQuery
If a gene-pair is measured twice as template-query and as query-template, a single p-value is computed by combining all measurements, if mixTemplateQuery =  TRUE. Else a p-value is computed independently for both cases.  
如果一个基因对两次测量模板的查询和查询模板，一个单一的P-值计算相结合，所有的测量，如果mixTemplateQuery =  TRUE。其他P-值计算这两种情况下独立。


参数：p.adjust.function
A function that corrects the p-values for multiple testing. Default method is the Benjamini-Hochberg method.  
纠正多个测试的P-值函数。默认的方法是Benjamini Hochberg方法。


参数：verbose
Either 0 (default, no output), 1 (minimum output), or 2 (outout)
0（默认情况下，没有输出），1（最小输出）或2（outout）


Details

详情----------Details----------

Computes p-values from a t-test, using the bioconductor package limma, or with a multidimensional Hotelling T^2 test.  
从T型的测试，，使用bioconductor包limma，或与多维贺德临T ^ 2检验计算P值。


值----------Value----------

An object of class RNAinteract.
对象类RNAinteract。


作者（S）----------Author(s)----------



Bernd Fischer




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

RNAinteract-package
RNAinteract-package


举例----------Examples----------


data("sgi")
sgi <- computePValues(sgi, method = "HotellingT2")
# Hotelling T^2 test will provide one p-value for all channels, PV will be the same[贺德临T ^ 2检验将提供一个用于所有通道的p-值，PV将是相同的]
# for all channels in this case[在这种情况下，所有通道]
PV <- getData(sgi, type="p.value", format="targetMatrix", channel="nrCells")

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