R语言 rMAT包 BPMAPCelParser()函数中文帮助文档(中英文对照)

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BPMAPCelParser(rMAT)
BPMAPCelParser()所属R语言包：rMAT

                                        BPMAP and CEL files Reader
                                         BPMAP和CEL文件阅读器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

One-step reading of BPMAP and CEL files, using Fusion SDK and affxparser.
一步读BPMAP和CEL文件，使用融合的SDK和affxparser。


用法----------Usage----------


BPMAPCelParser(BPMAPFileName, CelFileNames, genomeName=NULL, verbose=FALSE,groupName="",seqName="")



参数----------Arguments----------

参数：BPMAPFileName
String containing the full filename of the BPMAP file.
字符串包含的BPMAP文件的完整文件名。


参数：CelFileNames
Vector of strings containing full filenames of CEL files. i.e. c("F1.CEL", "F2.CEL"
矢量CEL文件的完整文件名的字符串。即Ç（“F1.CEL”，“F2.CEL”


参数：genomeName
String containing the genome name used.
String，包含所使用的基因组的名称。


参数：groupName
String containing the group of genome name used.
String，包含组的基因组中使用的名称。


参数：seqName
String containing the group of sequence name (e.g. chromosome) used.
使用字符串，其中包含组序列的名称（如染色体）。


参数：verbose
If verbose is selected, the progress and additional information will be displayed while the function is running
如果被选中，详细的进度和其他信息的功能运行时，将显示


Details

详情----------Details----------

This function returns an object of class tilingSet containing all necessary information: probe sequences, genomic positions, chromosomes as well as the probe intensities.
此函数返回一个类的对象tilingSet包含所有必要的信息：探针序列，基因组的位置，染色体以及探针的强度。


值----------Value----------

An object of class tilingSet.
对象类tilingSet。


作者（S）----------Author(s)----------



Charles Cheung, <a href="mailto:cykc@interchange.ubc.ca">cykc@interchange.ubc.ca</a> and
Raphael Gottardo, <a href="mailto:rgottard@fhcrc.org">rgottard@fhcrc.org</a>
Arnaud Droit, <a href="mailto:arnaud.droit@crchuq.ulaval.ca">arnaud.droit@crchuq.ulaval.ca</a>




参见----------See Also----------

affyTile for information about the package.
affyTile包的信息。


举例----------Examples----------



####################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃]
#The data are in inst/doc folder in rMAT package[这些数据是在研究所/ doc文件夹中rMAT包]
####################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃]

pwd&lt;-"" #INPUT FILES- BPMAP, ARRAYS, etc.[输入档案BPMAP，阵列等]
path<- system.file("doc/Sc03b_MR_v04_10000.bpmap",package="rMAT")

bpmapFile<-paste(pwd,path,sep="")

pathCEL<- system.file("doc/Swr1WTIP_Short.CEL",package="rMAT")
arrayFile<-paste(pwd,c(pathCEL),sep="")

# Show the all the different sequences[在所有不同的序列]
ReadBPMAPAllSeqHeader(bpmapFile)

# create a tiling Set from the corresponding data[建立相应的数据平铺集]
# This will only grep the sequences with Sc[这只会用grep与SC序列]
ScSet<-BPMAPCelParser(bpmapFile, arrayFile, verbose=FALSE,groupName="Sc")     

# show the object[显示对象]
show(ScSet)

# summarize its content[总结其内容]
summary(ScSet)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。