Classify(RLMM)
Classify()所属R语言包：RLMM
Classification of SNPs based on theta estimates
单核苷酸多态性的分类的基础上THETA估计
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function entails classification of SNPs based on the theta estimates (thetafile), genotype information (A regions file), and some internal files. Currently, this algorithm works for the Affymetrix 100K - Xba dataset.
此功能需要的SNPs的分类，根据θ波估计（thetafile）的，基因型信息（区域文件），以及一些内部文件。目前，该算法的Affymetrix 100K - XBA集。
用法----------Usage----------
Classify(genotypefile = "",
regionsfile = "",
thetafile = "",
callrate = 100)
参数----------Arguments----------
参数：genotypefile
Name of the classified SNPs with the genotypes (required)
机密的SNPs基因型的名称（必填）
参数：regionsfile
Character string specifying the directory AND name of regionsfile - e.g., "Xba.regions" (required)
字符串指定的目录和名称regionsfile - 例如，的“Xba.regions”（要求）
参数：thetafile
Character string specifying the directory AND name of thetafile (required)
字符串指定的目录和thetafile名称（必填）
参数：callrate
Call Rate percentage; The user can specify any number from the list: 80,82,84,86,88,90,92,94,96,98,100. Default is 100%(optional)
呼叫率的百分比;用户可以指定任何从列表中的号码：80,82,84,86,88,90,92,94,96,98,100。默认为100％（可选）
Details
详情----------Details----------
For each SNP, Mahalanobis distances from each chip's (theta A, theta B) ordered pair to the genotype centers is calculated. Each chip is assigned the genotype of the cluster which it is closest to (ie: AA, AB, BB).
对于每个SNP从每个芯片的（THETA一个THETA乙），马氏距离计算下令一双基因型中心。每个芯片被分配的聚类，它是最接近（即：AA，AB和BB）的基因型。
作者（S）----------Author(s)----------
Nusrat Rabbee <nrabbee@post.harvard.edu>, Gary Wong
<wongg62@gmail.com>
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 12:59:46
