R语言 Ringo包 exportCherList()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

exportCherList(Ringo)
exportCherList()所属R语言包：Ringo

                                        Function to export cherList into a file
                                         功能导出到一个文件cherList

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to export cherList into a file of gff or BED format. This files can be imported as tracks into genome browsers.
功能GFF或床上格式的文件导出到cherList。这个文件可以导入到基因组浏览器的轨道。


用法----------Usage----------


exportCherList(object, filename = "chers.gff", format = "gff3",
               genome="hg18", ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of class cherList
一个对象类cherList


参数：filename
character; path to file to be written
字符;路径写入档案


参数：format
Format of exported file; currently only "gff3" and "bed" are supported
支持导出文件的格式;目前只有“gff3的”和“床”


参数：genome
character; which genome the ChIP-enriched regions were found in denoting species and assembly, e.g. "hg18" or "mm9"
字符;基因芯片富集区域，表示物种和组装，如发现“hg18或MM9”


参数：...
further arguments to be passed on to the trackSet method
要传递到trackSet方法的进一步参数


Details

详情----------Details----------

First converts the cherList into an object of class trackSet from package rtracklayer and then calls the export method as defined for a trackSet.
首先转换成一个对象类cherList包trackSet，然后调用rtracklayer方法为export定义。trackSet


值----------Value----------

returns invisible NULL; called for the side effect of writing the file filename.
返回无形空;要求的书面文件filename副作用。


作者（S）----------Author(s)----------


Joern Toedling



参见----------See Also----------

Class trackset in package rtracklayer
类trackset在包rtracklayer


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  exDir <- system.file("exData",package="Ringo")
  load(file.path(exDir,"exampleProbeAnno.rda"))
  load(file.path(exDir,"exampleX.rda"))
  smoothX <- computeRunningMedians(exampleX, probeAnno=exProbeAnno,
       modColumn = "Cy5", allChr = "9", winHalfSize = 400)
  chersX <- findChersOnSmoothed(smoothX, probeAnno=exProbeAnno,
       thresholds=0.45, allChr="9", distCutOff=600, cellType="human")
  exportCherList(chersX, file="chers.gff")

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
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