fitgene.lin(rHVDM)
fitgene.lin()所属R语言包：rHVDM
Fits the optimal kinetic parameter values for a particular gene.
适合特定基因的最佳动力学参数值。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This method fits the three kinetic parameter values for a particular gene. It returns a list containing the results.
这种方法适合一个特定基因的三个动力学参数值。它返回一个列表，其中包含的结果。
用法----------Usage----------
fitgene.lin(eset,gene,tHVDM,transforms,firstguess)
参数----------Arguments----------
参数：eset
an ExpressionSet object (Biobase)
ExpressionSet对象（BIOBASE）
参数：gene
the gene identifier in character format
在基因标识字符格式
参数：transforms
a vector containing the kinetic parameter identifiers that have to be transformed during optimisation (optional)
矢量动力学参数标识符（可选）在优化过程中，必须转化
参数：tHVDM
the output of the training set
训练集的输出
参数：firstguess
first guess for the fitting (optional, see details)
第一次装修猜（可选，见详情）
Details
详情----------Details----------
An exponential transform is set by default for both the basal (Bj) and degradation (Dj) rates (through the transforms argument). This forces the values for both these parameters to be positive. It also helps to reach a better fit. To turn this off let transforms=c(). Even in this case the degradation rate will not be allowed to take non positive values as it causes problems with the differential operator used internally. The value in the vector indicates the parameter to be transformed: "Bj": basal rate of transcription, "Sj": sensitivity, "Dj": degrdation rate. The entry label indicates the transform to be applied; presently, only log-transforms are implemented (ie "exp").
默认设置的指数变换为基础（北京）和降解率（DJ）（通过转换参数）。这迫使这两个参数的值是积极的。它还有助于达到一个更适合。要打开这一关，让transforms=c()。即使在这种情况下，降解率不得采取非正面的价值观，因为它会导致内部使用的微分算子的问题。在向量的值表示要转换的参数：“BJ”：基础的转录率，“SJ”的敏感性，“DJ”：degrdation率。条目标签表示的转换被应用，目前，只记录转换实施（即“地契”）。
This fitgene() step can only be applied after a training() step. The output to the training() step has to be fed through the tHVDM argument.
这fitgene()一步只能申请后training()一步。 training()输出一步必须通过tHVDM参数送入。
The firstguess argument is optional (a first guess is generated internally by default). However a first guess can be supplied by the user which can take several forms. It can either be a vector with three entries containing a first guess for the basal rate, the sensitivity, the degradation rate (in that order). Alternatively, another output from the fitgene() function (for example from a gene that has a similar expression profile) can be supplied as a firstguess argument.
firstguess参数是可选的（第一个猜测是内部默认生成）。然而，第一次的猜测，可提供用户可以采取几种形式。它可以是一个向量有三个条目包含的第一个猜测的基础代谢率，灵敏度，降解率（按顺序）。另外，另一个fitgene()功能（例如从一个基因，也有类似的表达谱）的输出，可提供作为一个firstguess参数。
值----------Value----------
a list containing the results (see documentation for more details).
一个列表，其中包含的结果（详情请参阅文档）。
注意----------Note----------
Obviously, the expression set given as a eset argument has to be the same as the one used for the training step.
显然，作为表达式设置一个eset的说法是一个用于训练步骤相同。
作者（S）----------Author(s)----------
Martino Barenco
参考文献----------References----------
of p53 targets using Hidden Variable Dynamic Modelling. Genome Biology, V7(3), R25.
参见----------See Also----------
training,screening,HVDMreport
training，screening，HVDMreport
举例----------Examples----------
data(HVDMexample)
tHVDMp53<-training(eset=fiveGyMAS5,genes=p53traingenes,degrate=0.8,actname="p53")
sHVDMcd38<-fitgene.lin(eset=fiveGyMAS5,gene="205692_s_at",tHVDM=tHVDMp53)
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发表于 2012-2-26 12:54:34
