R语言 rHVDM包 estimerrors()函数中文帮助文档(中英文对照)

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estimerrors(rHVDM)
estimerrors()所属R语言包：rHVDM

                                        computes the standard deviation of the measurement error using pre-calculated tables specific to the plattform or user-defined table
                                         使用预先计算表特定的plattform或用户定义的表计算的测量误差的标准偏差。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This method takes as main input and ExpressionSet object, and using pre-calculated tables contained in rHVDM, it returns the same object with an extra slot that contains the standard deviation of the measurement error which is indispensable to then run rHVDM proper. The table can be user-defined. To check which tables are stored in rHVDM, just run the command without arguments (estimerrors()), it will return a list of the supported rHVDM plattforms. All parameters of this function are optional, see below for details on the effect of omitting one or more of them. The method assumes the the amount of error is dependent both on the particular microarray and the signal intensity. For more details on how it is computed, please refer to the  textual description of rHVDM.
这种方法需要为主要输入和ExpressionSet的对象，和使用在rHVDM所载的预先计算表，它返回相同的对象，包含一个额外的插槽，这是必不可少的，然后运行rHVDM适当的测量误差的标准偏差。该表可用户定义的。要检查哪些表是在rHVDM存储，只需运行命令没有参数（estimerrors()），它会返回一个列表的支持rHVDM plattforms。这个函数的所有参数都是可选的，见下文省略其中的一个或多个效果的细节。该方法假设的错误的数量是依赖特定芯片和信号强度。它是如何计算的更多细节，请参阅文本rHVDM描述。


用法----------Usage----------


estimerrors(eset,plattid,refchips,errtable)



参数----------Arguments----------

参数：eset
an object of class ExpressionSet (Biobase), every time this parameter is omitted the function returns a list of supported plattforms (identifier+plattform description).  
类ExpressionSet（BIOBASE），每省略此参数的功能对象返回一个，支持plattforms（标识符+ plattform描述）的名单。


参数：plattid
an optional argument (character format) allowing to specify the plattform identifiers. These identifiers are rHVDM specific. Any identifier will be overriden by a table given as input of the errtable argument. In future versions of rHVDM, if this argument and the errtable are missing, a search will be done among the supported plattforms to find a matching plattform, based on the individual genes identifiers. For now, omission of both arguments will be conductive to outputting a list of supported plattforms.  
一个可选的参数（字符格式），允许指定的plattform的标识符。这些标识符是rHVDM具体。输入errtable参数表将覆盖任何标识。未来在rHVDM的版本，如果这种说法和搜索errtable缺少，将支持plattforms之间进行找到匹配plattform的，基于单个基因标识。现在，这两个参数的遗漏会利于输出的支持plattforms的名单。


参数：refchips
a vector of names or column indexes compatible with the ExpressionSet useds (note that this compatibility is not verified by the function, it is up to the user to supply compatible array names). Some microarray might be known to be of not very good quality and although the measurement error will be computed for these chips it is better to leave them out of early stages of the computation. The list to be input should typically contain the least noisy microarrays. This parameter is optional and if omitted, all microarrays are used.  
一个名称或列指标与ExpressionSet useds兼容的矢量（注意，这种兼容性是没有验证的功能，它是向用户提供兼容的数组名）。有些芯片可能被称为是质量不太好，虽然将这些芯片的计算测量误差，最好是离开他们的计算的早期阶段。输入的列表，通常应包含最少吵芯片。此参数是可选的，如果省略，所有的芯片都使用。


参数：errtable
a nx2 table in matrix format. The first column of the matrix should contain reference log of signals in ascending order and the second the variance corresponding to the signals.  
中矩阵格式的的NX2表。矩阵的第一列应该包含在升序和第二方差相应的信号参考信号记录。


Details

详情----------Details----------

Local interpolation and individual array normalisation are used to estimate the standard deviation of the measurement error for each individual transcript on each microarray. The precise method is laid out in the paper cited below, with some minor modifications.       
局部插值和个人阵列标准化用来估计每个芯片上的每个个别谈话的测量误差的标准偏差。精确的方法，奠定了在下面列举的纸张，与一些小的修改。


值----------Value----------

Normally an updated eset is returned. In case some crucial element is missing, the original eset is returned. If the latter is missing too a list of supported plattform is returned (thus, when using this function, it is better to be careful of what lies at the LHS of the assignement arrow).
通常返回一个更新ESET。缺少一些关键因素的情况下，原有的ESET返回。如果后者是缺少支持plattform列表返回太（因此，使用此功能时，它是更好的是小心在的assignement箭头左在于）。


注意----------Note----------

The HTML report is generated in the working directory.
工作目录中生成HTML报告。


作者（S）----------Author(s)----------


Martino Barenco



参考文献----------References----------

of p53 targets using Hidden Variable Dynamic Modelling. Genome Biology, V7(3), R25.

参见----------See Also----------

HVDMcheck,training,screening,fitgene
HVDMcheck，training，screening，fitgene


举例----------Examples----------


data(HVDMexample)
fiveGybis<-estimerrors(eset=fiveGyMAS5,plattid="affy_HGU133A",refchips=leastnoisychips)
#leastnoisy chips is a list of three chips identifiers stored in the HVDMexample data bundle[leastnoisy芯片是三个芯片标识符的列表存储在数据包HVDMexample]

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