R语言 Resourcerer包 getResourcerer()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getResourcerer(Resourcerer)
getResourcerer()所属R语言包：Resourcerer

                                        A function that downloads an annotation file from TIGR
                                         一个功能，从TIGR注释文件下载

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

TIGR Resourcerer maintains various annotation files for Affymetrix or cDNA chips. This function allows users to read an annotation file into R as a matrix.
TIGR的Resourcerer保持Affymetrix的基因芯片的各种注释文件。此功能允许用户阅读到R矩阵的注解文件。


用法----------Usage----------


getResourcerer(which, organism, destDir =
file.path(.path.package("Resourcerer"), "temp"), baseUrl = "ftp://occams.dfci.harvard.edu/pub/bio/tgi/data/Resourcerer", clean = TRUE, exten = "zip")  



参数----------Arguments----------

参数：which
which a character string indicating which annotation file to be read in. The annotation files are stored in subdirectories for various organisms under baseUrl (see below)  
which一个字符串，指示注释文件被读入注释的文件存储在各种生物体的子目录下baseUrl（见下文）


参数：organism
organism a character string for the name of the organism of interests
organism利益的有机体的名称的字符串


参数：destDir
destDir a character string for the path of a directory where the downloaded file will be stored. If missing, the temp directory will be the default
destDir一个一个下载的文件将存储目录的路径字符串。如果丢失，临时目录，将是默认


参数：baseUrl
baseUrl a character string for the url of Resourcerer ftp site where directories containing annotation files for human, rat, mouse ... are stored
baseUrl为Resourcerer FTP站点目录包含人类，大鼠，小鼠的注释文件的url的字符串...存储


参数：clean
clean a boolean indicating whether the file downloaded from Resourcerer will be removed after the data contained have been read in
clean布尔值，指示是否下载从Resourcerer的文件所包含的数据已经被读入后，将被删除


参数：exten
exten a character string for the extension (e. g., zip) of the source data file to be processed
exten扩展字符串数据源（例如，zip）文件进行处理


Details

详情----------Details----------

baseUrl is the root directory of TIGR ftp site for Resourcerer that contains subdirectories holding data for different organism.  
baseUrl是持有不同的生物体的数据，其中包含子目录的Resourcerer TIGR的FTP站点的根目录。


值----------Value----------

Function getResourcerer returns a matrix derived from the source data. Column names of the returned matrix are taken directly from the source file provided by Resourcerer. Users are advised to visit the Resourcerer web site for more information about the source data files.
功能getResourcerer返回从数据源派生的矩阵。返回矩阵的列名是直接从提供由Resourcerer的源文件。建议用户的Resourcerer网站访问源数据文件的有关信息。


作者（S）----------Author(s)----------


Jianhua Zhang



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


  resourcerer <- getResourcerer("Agilent_Human1_cDNA.zip", organism = "human",
       destDir = file.path(.path.package("Resourcerer"), "temp"),
       baseUrl = "ftp://occams.dfci.harvard.edu/pub/bio/tgi/data/Resourcerer",
       clean = TRUE, exten = "zip")
  resourcerer[1:3, ]

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注：
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