FWSEplot(ReQON)
FWSEplot()所属R语言包：ReQON
Plot reported vs. empirical quality.
图报告与经验质量。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Plots reported vs. empirical quality scores. Also calculates and outputs Frequency-Weighted Squared Error (FWSE) and reports FWSE on the plot.
图与经验质量分数报告。还计算和输出频率的加权平方误差（FWSE）和报告FWSE的图。
用法----------Usage----------
FWSEplot(ErrRates, QualFreq, FWSE_out = TRUE, col = "blue", min_freq = 0.001,
lim = c(0, length(QualFreq) - 1), xlabel = "Reported Quality",
ylabel = "Empirical Quality", main_title = "Reported vs. Empirical Quality")
参数----------Arguments----------
参数：ErrRates
vector of empirical error rates on the Phred scale.
矢量上PHRED规模的实证错误率。
参数：QualFreq
vector of relative frequencies of quality scores.
向量的质量分数的相对频率。
参数：FWSE_out
option to output FWSE and report FWSE on the plot. Default = TRUE.
选项报告图的输出FWSE和FWSE。默认= TRUE。
参数：col
color of plotted points. Default = "blue".
绘制点的颜色。默认=“蓝”。
参数：min_freq
Any quality scores with relative frequency less than this vlue will be plotted with a solid point. Default = 0.001.
任何质量分数相对频率小于这个vlue将绘制了坚实的点。默认值= 0.001。
参数：lim
common axis limits for both the x-axis and y-axis. Default = c(0, length(QualFreq) - 1).
为x轴和y轴的共同轴线的限制。默认= C（0长度（QualFreq）的 - 1）。
参数：xlabel
x-axis label. Default = "Reported Quality".
X轴标签。默认=“质量报告”。
参数：ylabel
y-axis label. Default = "Empirical Quality".
Y轴标签。默认=“实证的质量”。
参数：main_title
title. Default = "Reported vs. Empirical Quality".
称号。默认=“报道与实证质量”。
Details
详情----------Details----------
FWSEplot plots the reported quality score against the empirical quality score and reports FWSE. If the quality scores accurately reflect the probability of a sequencing error, then the points should fall close to the 45-degree line and FWSE should be close to zero. If the input vectors are $ErrRatesBefore and $QualFreqBefore from the ReQON output, this function will create the bottom left diagnostic plot that is output from ReQON. Similarly, if the input vectors are $ErrRatesAfter and $QualFreqAfter from ReQON output, then the bottom right diagnostic plot is created.
报告对经验的质量得分和报告FWSE FWSEplot图的质量得分。如果质量得分，准确地反映了测序错误的概率，然后点应该落在接近45度线和FWSE应接近于零。如果输入向量QualFreqBefore $ ErrRatesBefore美元和从ReQON输出，此功能将创建左下方诊断图是从ReQON输出。同样，如果输入向量美元ErrRatesAfter和从ReQON输出美元QualFreqAfter，然后右下角的诊断图被创建。
For more details and interpretation, see the vignette by: browseVignettes("ReQON").
对于更多的细节和解释，看到的小插曲：browseVignettes（“ReQON）。
值----------Value----------
In addition to the plot, FWSEplot calculates and outputs Frequency-Weighted Squared Error (FWSE), a measure of how close the points lie to the 45-degree line.
除了图，FWSEplot计算和输出频率加权平方误差（FWSE），衡量点在于如何接近45度线。
作者（S）----------Author(s)----------
Christopher Cabanski <a href="mailto:cabanski@email.unc.edu">cabanski@email.unc.edu</a>
举例----------Examples----------
## Create relative frequency example data[＃创建相对频率例如数据]
require( stats )
after <- dnorm( c( 0:40 ), mean = 30, sd = 8 )
after <- after / sum( after )
err_rate <- c( 0:40 ) + rnorm( 41, mean = 0, sd = 5)
err_rate[ which( err_rate < 0 ) ] <- (-1) * err_rate[ which( err_rate < 0 ) ]
## to guarantee that all values are positive[＃以保证所有的值是积极的]
## plot and calculate FWSE[＃绘制和计算FWSE]
FWSEplot( err_rate, after, col = "red" )
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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发表于 2012-2-26 12:52:43
