writeWig(Repitools)
writeWig()所属R语言包：Repitools
Writes sequencing data out into wiggle files
写入到摆动文件测序数据
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Writes sequencing data out into wiggle files
写入到摆动文件测序数据
用法----------Usage----------
## S4 method for signature 'AffymetrixCelSet'
writeWig(rs, design=NULL, log2.adj=TRUE, verbose=TRUE)
## S4 method for signature 'GRangesList'
writeWig(rs, seq.len = NULL, design=NULL, sample=20, drop.zero=TRUE, normalize=TRUE, verbose=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：rs
The sequencing or array data.
测序或数组数据。
参数：design
design matrix specifying the contrast to compute (i.e. the samples to use and what differences to take)
设计矩阵指定的对比来计算（即使用的样品，并采取什么差异）
参数：log2.adj
whether to take log2 of array intensities.
是否采取阵列强度的log2。
参数：verbose
Whether to write progress to screen
是否写入到屏幕进展
参数：seq.len
If sequencing reads need to be extended, the fragment size to be used
如果测序读取需要延长的，要使用片段大小
参数：sample
At what basepair resolution to sample the genome at
决议碱基的基因组进行采样
参数：drop.zero
Whether to write zero values to the wiggle file - TRUE saves diskspace
是否写入零值的摆动文件 - 真正的扑救磁盘空间
参数：normalize
Whether to normalize each lane to its total number of reads, TRUE is suggested
是否标准化每个通道读取的总数，建议TRUE
Details
详情----------Details----------
A wiggle file is created for each column in the design matrix (if design is left as NULL, then a file is created for each array/lane of sequencing). The filenames are given by the column names of the design matrix, and if ending in "gz" will be written out as a gzfile.
一个摆动的文件被创建在设计矩阵（如果设计是留为NULL，然后创建一个文件被测序为每个阵列/车道），每列。设计矩阵的列名，文件名，如果在“gz”结尾，将被写入了作为一个gzfile。
值----------Value----------
Wiggle file(s) are created
创建摆动文件（S）
作者（S）----------Author(s)----------
Aaron Statham
举例----------Examples----------
#See examples in the manual[参见手册中的例子]
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 12:52:37
