R语言 Repitools包 profilePlots()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

profilePlots(Repitools)
profilePlots()所属R语言包：Repitools

                                        Create line plots of averaged signal across a promoter for gene sets, compared to
                                         建立跨基因组启动子相比，平均信号线图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a plot where the average signal across a promoter of supplied gene lists is compared to random samplings of all genes, with a shaded confidence area.
创建一个启动跨越提供基因列表的平均信号进行比较，所有基因的随机抽样的图，与阴影的信心面积。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'ScoresList'
profilePlots(x, summarize = c("mean", "median"), gene.lists,
   n.samples = 1000, confidence = 0.975, legend.plot = "topleft", cols = rainbow(length(gene.lists)),
   verbose = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
A ScoresList object. See featureScores.
一个ScoresList对象。看到featureScores。


参数：summarize
How to summarise the scores for each bin into a single value.
如何总结成一个单一的价值每个bin的分数。


参数：gene.lists
Named list of logical or integer vectors, specifying the genes to be averaged and plotted. NAs are allowed if the vector is logical.
名为listlogical或integer向量，平均指定的基因，策划。定居是允许的，如果向量是logical。


参数：n.samples
The number of times to randomly sample from all genes.
从所有的基因，以随机抽样的次数。


参数：confidence
A percentage confidence interval to be plotted (must be > 0.5 and < 1.0).
百分比要绘制的置信区间（必须> 0.5 <1.0）。


参数：legend.plot
Where to plot the legend - directly passed to legend. NA suppresses the legend.
凡绘制的传奇人物 - 直接传递给legend。 NA抑制的传说。


参数：cols
The colour for each of the genelists supplied.
为每个genelists的颜色提供。


参数：verbose
Whether to print details of processing.
是否打印的细节处理。


参数：...
Extra arguments to matplot, like x- and y-limits, perhaps.
matplot额外的参数，如x和y的限制，也许。


Details

详情----------Details----------

For each table of scores in x, a plot is created showing the average signal of the genes specified in each list element of gene.lists compared to n.samples random samplings of all genes, with confidence % intervals shaded. If an element of gene.lists is a logical vector, its length must be the same as the number of rows of the score tables.
每个x的评分表，有一个图是创建显示平均每个列表元素中指定的基因信号gene.listsn.samples随机抽样的所有基因<相比， X>％的时间间隔阴影。如果一个元素confidence是gene.lists向量，它的长度必须是相同的评分表中的行数。


值----------Value----------

A series of plots.
一系列图。


作者（S）----------Author(s)----------


Aaron Statham



举例----------Examples----------


  # See examples in manual.[见手册中的例子。]

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